Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtacctagagtttcagtttgtttggacaaagaactgcctcttgtgaatcaatagtattgtgacctgttgatgcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGAACTGCCTCTCGTCCTCTTCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070218_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070218_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g51410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
---------gttggtacctagagtttcagttt-----gtttggacaaagaactgcctcttgtgaatcaatagtattgtgacctgtt-gatgcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGAACTGCCTCTCGTCCTCTTCTG
         |||     |||   || | |||      ||||       |   |  ||  | |  || || | |||||||| || || | || |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| 
gtatctggagttcacttctatttttcctgttggaatagtttattttgtggcttctcttattttgattaacaatattgtgatctctttgttgtattatcagGAAATACATGAAGAAGGGCCTATCTGTTTGGTTGGATGTGCCCTTGGACGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGGACTGCCTCCCGTCCTCTTCTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60358208|gb|DN225181.1|DN225181
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60338581|gb|DN205554.1|DN205554
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211208198|gb|FL442564.1|FL442564
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211466253|gb|FL386709.1|FL386709
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211063379|gb|FL406022.1|FL406022
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211221229|gb|FL370915.1|FL370915
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211387313|gb|FL389279.1|FL389279
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|149095243|gb|EE180868.2|EE180868
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60337499|gb|DN204472.1|DN204472
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|211026346|gb|FL457625.1|FL457625
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGRAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60354260|gb|DN221233.1|DN221233
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|60337794|gb|DN204767.1|DN204767
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAAGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|93281433|gb|EB673697.1|EB673697
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
EST: gi|86466258|gb|DY232630.1|DY232630
EST:     CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTG                         GAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC
genomic: CGATTAGTTGTTGCCACCGGAGGTGGTGCTGTTATCCGACCAATTAACTGgttggtacct ... gcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaagaactgcctcttgtgaatcaatagtattgtgacctgttgatgcattatcagGAGATATATGAAGAGGGGCCTATCTGTTTGGTTAGATGTGCCCTTGGATGCTCTTGCTAGGCGTATTGCTAAAGTGGGAACTGCCTCTCGTCCTCTTCTG
                                      tgttgat  putative branch site (score: 4)
                       aatagtatt  TA-rich tract