Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctcca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
||||| |   ||   |||  ||| | ||||||| ||||           |  | | || | | |  ||     ||| || | |||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || || |||
gtatgct---tttggtattgattatttatggattgtttctcaagg---gtgtcctttattgattggtct----aaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgct------tttatagcatatact-aacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
|||||||   |    |||| ||| | ||||||||  | | |||||      |||  ||  | | || || | ||   |  ||| || |||||  |||| |||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||
gtatgat---tctgctatcgattatttatggataaatctattgctattgctttttaagggtgtccttaattgattgggctaaagtcttgaattgtgtttctccagGTCCTTGGCGGGATGAGAGGAATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGAGGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G60100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
||| |  ||  |  | || | ||||   |  | |      ||   |||  | ||||  |  |  |||      |  ||      || | ||  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |||||| |||| |||
gtacgg-attctaatgat-atttgtgattacacaaaggctttatcttttaaacatactcgtatatat------agttttacatgtggtatttgtgaagGTACTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTACTCTGGGAAACCTCATTGCTTGATGCAGATGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G44350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
|||  |   ||      |     || | ||| | ||||   || ||||  | | |  | |  | || |     | | |||    |||  |      ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||| || || |||
gtagaaacaatcatgattttcacgtttttggtttgtttatatgatttt-caccttccattg-cataactcatcataatcccctttgaaataa----agGTTATTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTGCTTTGGGAAACCTCATTGCTTGACCCGGAAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51592469|gb|CV071615.1|CV071615
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACTCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211505526|gb|FL228165.1|FL228165
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATTACTGGAATGC
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGC
EST: gi|211507876|gb|FL228171.1|FL228171
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149084983|gb|EE174493.2|EE174493
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507874|gb|FL228169.1|FL228169
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTKGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211059244|gb|FL131321.1|FL131321
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148932412|gb|EC876097.2|EC876097
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGA
EST: gi|211507879|gb|FL228174.1|FL228174
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGA
EST: gi|67013663|gb|CO442412.1|CO442412
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149100799|gb|EE186893.2|EE186893
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510237|gb|FL228184.1|FL228184
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149014218|gb|EE043773.2|EE043773
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510240|gb|FL228187.1|FL228187
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149105261|gb|EE290752.2|EE290752
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|93284646|gb|EB676910.1|EB676910
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTTGGAAACATCCCCT
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCC-T
EST: gi|148991806|gb|EE033387.2|EE033387
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148931316|gb|EC874179.2|EC874179
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510249|gb|FL228196.1|FL228196
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|78087725|gb|DV516118.1|DV516118
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510246|gb|FL228193.1|FL228193
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507880|gb|FL228175.1|FL228175
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148990704|gb|EE032108.2|EE032108
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507878|gb|FL228173.1|FL228173
EST:     CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTCGTGGAATGAGGGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCC-AGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|71771089|gb|DR969026.1|DR969026
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507873|gb|FL228168.1|FL228168
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507884|gb|FL228179.1|FL228179
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507875|gb|FL228170.1|FL228170
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTNGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148939431|gb|EC883987.2|EC883987
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|67040702|gb|CO466957.1|CO466957
EST:     CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATATCTGTGCGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCT
genomic: CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTG-GATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCT
EST: gi|89758059|gb|DY687401.1|DY687401
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|149082974|gb|EE172211.2|EE172211
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211505527|gb|FL228166.1|FL228166
EST:     TCAAGTCTGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510238|gb|FL228185.1|FL228185
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|74035022|gb|DT535512.1|DT535512
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 127

GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 679

GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 497

GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 314

GATCGCTTAAAGAAGCTCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
             tactaac  putative branch site (score: 314)
                                            tgttcctcc  putative PPT
          atatactaacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG