1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgtggagatgcatgccttgatggttttccttgtgatataaacagtatctaatgtccttttttattgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGATTGGAAAGCTTCAGGAGGTTGAAGATTGGCTATATGAAGATGGTGAGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G063676_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGEST: gi|67029439|gb|CO458188.1|CO458188
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTG
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGEST: gi|32931548|gb|CF036360.1|CF036360
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTG
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CCCTACGACAGGTEST: gi|71307557|gb|DR789997.1|DR789997
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGT
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGEST: gi|211288522|gb|FL186988.1|FL186988
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTG
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGEST: gi|32856246|gb|CD995927.1|CD995927
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTG
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGGGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGEST: gi|32933060|gb|CF037872.1|CF037872
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTG
EST: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAG CTCTACGACAGGT
genomic: AAGAGAAGAAAAATGCTGTGGAAGCTTATGTCTATGACATGCGTAACAAGgtatgtggag ... ttgtatttagCTCTACGACAGGT
gatggttttccttgtgatataaacagtatctaatgtccttttttattgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGATTGGAAAGCTTCAGGAGGTTGAAGATTGGCTATATGAAGATGGTGAGG
atctaat putative branch site (score: 81)
tgtccttttttatt CT-rich tract
ttttttattgtattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtggagatgcatgccttgatggttttccttgtgatataaacagtatctaatgtccttttttattgtatttagCTCTACGACAGGTACAACGATTTTGTGACACCTGAGGAGAAGGAAGGGTTGATTGGAAAGCTTCAGGAGGTTGAAGATTGGCTATATGAAGATGGTGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG