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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggccgcccttaactgtctttttgcaaatctccatagcaaatgtctcagttctgataatcctatgccacattcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060564_T03
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149095487|gb|EE181140.2|EE181140
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|76284637|gb|DV024205.1|DV024205
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71330287|gb|DR801905.1|DR801905
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71768464|gb|DR966401.1|DR966401
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|74245152|gb|DT653066.1|DT653066
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|149089290|gb|EE178503.2|EE178503
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|74234235|gb|DT642149.1|DT642149
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71449020|gb|DR830070.1|DR830070
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|26456824|gb|CA828407.1|CA828407
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71321160|gb|DR797280.1|DR797280
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|20512803|gb|BQ280001.1|BQ280001
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|148949975|gb|EC895492.2|EC895492
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71315575|gb|DR794393.1|DR794393
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|78107038|gb|DV525456.1|DV525456
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|50337111|gb|CO532237.1|CO532237
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|74246183|gb|DT654097.1|DT654097
EST:     TCAGAGGCTCCCCAGATCTTTAA-TGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71447386|gb|DR828436.1|DR828436
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|76014988|gb|DT942158.1|DT942158
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71311330|gb|DR791989.1|DR791989
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|101399172|gb|EB821460.1|EB821460
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|148937865|gb|EC882083.2|EC882083
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|76011810|gb|DT938980.1|DT938980
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAGACGCAGCA
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAGACGCAGCA
EST: gi|71312763|gb|DR792909.1|DR792909
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|148953515|gb|EE153023.2|EE153023
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|78078643|gb|DV507055.1|DV507055
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|91048377|gb|EB158795.1|EB158795
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|148930645|gb|EC872835.2|EC872835
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGC
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGC
EST: gi|50336576|gb|CO531702.1|CO531702
EST:     TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATTGTCTGTCTGATTTGGTCTACTGGACgtaaggccgc ... tcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatctccatagcaaatgtctcagttctgataatcctatgccacattcttttgcagGGTTTGTGCATGTATGCAG
                       ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                          cattctttt  putative PPT
                                           attctttt  TA-rich tract