1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aacttgacttaatttaactttttagacagttgactgcctttctaaatggatttacatgtgcccttgcttatttaacaaccttttgaaacttgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCAAATGCTCCTAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G057158_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGEST: gi|21828621|gb|BQ703305.1|BQ703305
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGEST: gi|67027074|gb|CO455823.1|CO455823
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGEST: gi|87156460|gb|DY401249.1|DY401249
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGEST: gi|113704257|gb|EE681761.1|EE681761
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGEST: gi|78180947|gb|DV551320.1|DV551320
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAEST: gi|94473208|gb|EB702166.1|EB702166
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCA
EST: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAG GCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
genomic: GGAGCGGACACAATCAGCCTCTGGTGCAGgtaactcctg ... tgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTG
atggatttacatgtgcccttgcttatttaacaaccttttgaaacttgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCAAATGCTCCTAATG
atttaac putative branch site (score: 4)
ttatttaacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacttgacttaatttaactttttagacagttgactgcctttctaaatggatttacatgtgcccttgcttatttaacaaccttttgaaacttgaatcctagGCAATGTGAACCTCAACACCTTGATGAACATGTTCAGTGGGCTTGGTGCTGGTGGTGGCCTAGGTGTTCCAAATGCTCCTAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - tgactgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaacc