1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctgttaacattatgtctaactattgtttgatttactgagttggttactcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G057037_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCEST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTC
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCNAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGAEST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
actcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
tctcctgctgttcc CT-rich tract
atgaagataatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgttaacattatgtctaactattgtttgatttactgagttggttactcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - ttgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - tttactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaagataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caccagc