Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgttaacattatgtctaactattgtttgatttactgagttggttactcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G057037_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g24570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
ctgttaacattatgtctaactattgtttgat---ttactgagttggttactcgatgaagataatt-ttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
    |||||| |  ||     ||||||| ||   ||  | ||||||| | |  |  | |  |||  || | |||  |||||| || |   |  |   ||  ||||||||| |||| ||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |   ||||||| ||||||||||||||||||
----taacatgacatcctgtcattgtttaataactttgttagttggtcaatttacaaggcaaatcgtttagcagtcatcttaccttccatttgtttccttgcagCTATGGCATTGCTGCCATTGCCCCCTTTTCTCACCGTCTTGCATTTGATGACTTGCCTGTGGACATTCAGCATCTGCGTTGCAAAGTTAACTTCCAAGCT

upper sequence: GRMZM2G057037_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G02850.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
-ctgttaacattatgtctaactattgtttgatttactgagttggttactcgatgaag-ataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
   | |   |||  || |||    ||| |  | | ||||    || |    ||       ||| |  ||    ||| |  |    || | |        ||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||    |||||  | |||||||||||| |||||| | | ||||||||||| ||||||||||||
gaagatgtaattgagtttaa--ggtgtatattgtgctgatgccgtcatggtatactctgaaatatgaacttctaatgtattggtatgttttatttggtgcagTTATGGTATTGCTGCAATCTCTCCATTTTCTCACCGACTGAGTTTTGACAACTTGCCTGTGGATATTCAACACCTACGTTGTAAAGTAAACTTCCAAGCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330647|gb|DR802098.1|DR802098
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|71449457|gb|DR830507.1|DR830507
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|148946102|gb|EC891397.2|EC891397
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCNAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|148971509|gb|EE022208.2|EE022208
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|76925903|gb|DV170641.1|DV170641
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|76932287|gb|DV172995.1|DV172995
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTC
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTC
EST: gi|71426736|gb|DR807786.1|DR807786
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
EST: gi|149076222|gb|EE164820.2|EE164820
EST:     CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAG                         CTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA
genomic: CATGCCTCAGCAAATTGGTATTTGGAGAATGTCAGTCCTATCCTGCAAAGgtcagtgaca ... ccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT
                                 tctcctgctgttcc  CT-rich tract
     atgaagataatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctgttaacattatgtctaactattgtttgatttactgagttggttactcgatgaagataattttcaccagcaatcttatctcctgctgttccactgccagCTATGGGATTGTTGCGATCGCTCCCTTTTCTCACCGCCTTGCATTTGATGATTTGCCTGTGGATCTTCAACGCTTGCGTTGTAAAGTTAACTTCCAAGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT