Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catttaattgttttttttgaaattttgatgaaagcagcagcagcagtattaatgatctgtactaaaattgacttgttgattacatttaatcttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTGGTCTCTAACGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G056572_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os04g56450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
catttaattgttttttttgaaatttt-gatgaaagcagcagcagcagtattaatgatctgtactaaa--attgacttgttgatta-catttaatcttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTGGTCTCTAACGAG
    ||||   | || || |  |||| |     || |  | || |  |  || | | || |   |||  ||   |||||| | ||    ||      || ||||||||||||| ||||| || | |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||  | || |||
----taatatatgttgttaattttttaggcttcagaataatcatcctttatattcacctttcacaaatgatgaccttgttcagtaatgcttttgtgggtcatagGAGGAAGTTATTGATCACTCTCTCGAGTTCCTCATTCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTAGTAACCAATGAG

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT4G31750.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
-catttaat-tgttttttttgaaattttgatgaaagcagcagcagcagtattaatgatctgtactaaaattgacttgttgat-tacatttaatcttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTGGTCTCTAACGAG
  | || ||    |  ||    |  ||| |    ||   |   |   | | |    |    | |     || |||  ||    || ||  ||  ||     ||||||||   ||||||  | | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || || |||||||||
ttacttgatacaatcattacccacattttagactagtttctagaatggcactttacaaaacttccttcgttcactcattagcataaatggaaaatttc---agGAGGAAAAAGTTGATAGCTCTCTCGAGTTTCTCATTCTTGCAAGTGATGGTCTCTGGGACGTTGTATCTAACGAG

upper sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
--catttaatt---gttttttttgaaattttgatgaaagcagcagcagcagtattaatgatctgtactaaaattgacttgttgattacatttaatcttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTGGTCTCTAACGAG
  | ||  |||   ||  || ||    || |      |    |   | |  | |  |  ||| | |||||  || | ||  ||   |  |||       |   ||||||||    ||||   | | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | || |||
tgctttagatttatgtcattctttgccttctccctccatt--ccaaaactttctgcagaatcagcactaa--ttaatttactggc-atttttctgaaaattgcagGAGGAAAAGATTGACAGCTCCCTCGAGTTTCTTATCCTTGCCAGTGATGGACTGTGGGATGTTGTCACAAATGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71762691|gb|DR960628.1|DR960628
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|6095655|gb|AW120322.1|AW120322
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAGGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|211036167|gb|FL457683.1|FL457683
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|76290021|gb|DV029589.1|DV029589
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|5124063|gb|AI745904.1|AI745904
EST:     TAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|76016318|gb|DT943488.1|DT943488
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAGGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTG
EST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|94472146|gb|EB701104.1|EB701104
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTTGCA-GTGATGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTT-GCAAGTGATGG
EST: gi|67024109|gb|CO452858.1|CO452858
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATTCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|211036166|gb|FL457682.1|FL457682
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|76016319|gb|DT943489.1|DT943489
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCCTGCAAGTGAGGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|5901101|gb|AW042201.1|AW042201
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGTATCCGGAGATCCGA                         GAGGAGGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|60359261|gb|DN226234.1|DN226234
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGNGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAGGTTGNTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAA
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAA
EST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTC
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTC
EST: gi|61118718|gb|DN559679.1|DN559679
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACAC
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACAC
EST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGA
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGA
EST: gi|76288714|gb|DV028282.1|DV028282
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|60340995|gb|DN207968.1|DN207968
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|60357297|gb|DN224270.1|DN224270
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|60354881|gb|DN221854.1|DN221854
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|60338245|gb|DN205218.1|DN205218
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|87156931|gb|DY401720.1|DY401720
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|166605679|gb|EG191128.1|EG191128
EST:     GTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACGCTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: GTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|166705270|gb|EG043028.1|EG043028
EST:     GTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACGCTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: GTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|67021956|gb|CO450705.1|CO450705
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|31406343|gb|CD485075.1|CD485075
EST:     TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG
EST: gi|149111015|gb|EE294514.2|EE294514
EST:     TTGGTGACAAACTTTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA                         GAGGAAGTTGTTGATGACACCCTCGAGTTTTTTATCCTTGCAAGTGATGGG
genomic: TTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGAgtacgtaatc ... cttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtattaatgatctgtactaaaattgacttgttgattacatttaatcttgtgatagGAGGAAGTTGTTGATGACACACTCGAGTTTCTTATCCTTGCAAGTGATGGGCTGTGGGATGTGGTCTCTAACGAG
                              ttgattacatttaat  TA-rich tract