Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgcaatctagttgttgaattatgatgatttgcctgtagtgggaatacaattatcttcgtttgcaccatgtatttatgggggaatacatctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038313_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33097754|gb|CF057714.1|CF057714
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACACCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|32928420|gb|CF033232.1|CF033232
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|32928859|gb|CF033671.1|CF033671
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|71333150|gb|DR803609.1|DR803609
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|211376028|gb|FL471754.1|FL471754
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|6865046|gb|AW360396.1|AW360396
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGACCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|71759147|gb|DR957084.1|DR957084
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|213179478|gb|FM189820.1|FM189820
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|148943092|gb|EC888146.2|EC888146
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTTTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|211376029|gb|FL471755.1|FL471755
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|32929145|gb|CF033957.1|CF033957
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|113702141|gb|EE679645.1|EE679645
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|76919395|gb|DV167694.1|DV167694
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|71318806|gb|DR796164.1|DR796164
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|88754908|gb|DY539049.1|DY539049
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|32803563|gb|CD955799.1|CD955799
EST:     ATCGATTCAGCGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTA
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTA
EST: gi|6538813|gb|AW224952.1|AW224952
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGACCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACCTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
EST: gi|86467967|gb|DY234337.1|DY234337
EST:     ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGT                         GCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT
genomic: ATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 198

CCGAGTTGTGGATAATGAACTTGGTTAGGAGCTCAAAACTGGATGCAAGGATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 157

CCGAGTTGTGGATAATGAACTTGGTTAGGAGCTCAAAACTGGATGCAAGGATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 204

CCGAGTTGTGGATAATGAACTTGGTTAGGAGCTCAAAACTGGATGCAAGGATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 177

CCGAGTTGTGGATAATGAACTTGGTTAGGAGCTCAAAACTGGATGCAAGGATCGATTCAGTGTCAGGAACTCTTATCATGACAACCAATCACATCAATGTgtaagtcaag ... ctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atacaattatcttcgtttgcaccatgtatttatgggggaatacatctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT
                                          catcttt  CT-rich tract
                       atgtatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatgcaatctagttgttgaattatgatgatttgcctgtagtgggaatacaattatcttcgtttgcaccatgtatttatgggggaatacatctttatgcagGCATGAGCAGATTATCGAGAGCATGAAGGGCCTTAACATGCGGACGTACATGCTCGCAAAGAACATCGTGGAGCCAGCTCAGCAGGCAGCTCGGTAAGGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
tatgcaa
- - - - - - -tgttgaa
- - - - - - - - - - - -tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - gcctgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtat