1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaagttgctttctattgtacatttgcatgccaactccattgatatagcttggcttaagttctctaaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCGAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G037683_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATRTCAAGCCEST: gi|211475898|gb|FL358552.1|FL358552
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EST: GTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCEST: gi|76010783|gb|DT937953.1|DT937953
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EST: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCEST: gi|23357683|gb|BU645332.1|BU645332
genomic: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
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genomic: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
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EST: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCEST: gi|211160334|gb|FL327726.1|FL327726
genomic: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
EST: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCEST: gi|26457208|gb|CA828791.1|CA828791
genomic: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
EST: ACCTGATGGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCEST: gi|91873183|gb|EB403140.1|EB403140
genomic: ACCTGAT-GGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
EST: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAA GTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
genomic: CACCTGATGGTCAGTACCTTGTTTCATGCTCAGTTGATGGAATAATTGAAgtaagttgct ... aaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCC
catttgcatgccaactccattgatatagcttggcttaagttctctaaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCGAT
ctctaaa putative branch site (score: 58)
ttctcta CT-rich tract
tctaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttgctttctattgtacatttgcatgccaactccattgatatagcttggcttaagttctctaaattttcagGTCTGGGATTATCTTAGTGGAAAGCTTAAAAAGGATCTTCAATATCAAGCCGAT
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