1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttcgatgccattttggacatttttgtccttcttgcgtcttttgcatctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G036837_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAEST: gi|211483519|gb|FL337294.1|FL337294
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAEST: gi|26560091|gb|CA832326.1|CA832326
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAEST: gi|22935412|gb|BU571687.1|BU571687
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAEST: gi|211111725|gb|FL361670.1|FL361670
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: CTCCTAAGACCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC
tctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
ttatctaaaatgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcgatgccattttggacatttttgtccttcttgcgtcttttgcatctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
- -gatgcca
- - - - - - - - - - - - - - ttcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcttgca