Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttcgatgccattttggacatttttgtccttcttgcgtcttttgcatctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G036837_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G036837_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g15460.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--ttcgatgccattttggacatttttgtccttcttgcgtcttttgcatctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
     |||  ||  | |  |  | || |  |  |||| | ||||| |   || |  ||    | ||  |  | || ||   | |||||||| || | |  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||||||| | |
ttggtgattgcacatagacctatgtttttgtctttgc-ttttttgtagagaaaatgctccttggtttcttgctaagctgcttgtgttatctcaact-tgcagGGGGCTCAGCCTTGTGCATACTATGCCCAAAATGGGTATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAGTATGATCACCCAATGGGCACGCTTGGCTACAGTCCGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87157500|gb|DY402289.1|DY402289
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|211483519|gb|FL337294.1|FL337294
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|26560091|gb|CA832326.1|CA832326
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|22935412|gb|BU571687.1|BU571687
EST:     CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGA
EST: gi|211111725|gb|FL361670.1|FL361670
EST:     CTCCTAAGACCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCG                         GGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC
genomic: CTCCTAAGTCCAATTACATGTTCAGCCATCTATGCCTTCCACTTCGTCCGgtgagcatcc ... aaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaacaatcttgcagtttcttacccaatcttactatgttatctaaaatgtatagGGTGCTCAGCCTTGTGCGTACTATGCCCAAAATGGATATTGCAGATATGGAGTTGCATGCAAATATGATCACTCAATGGGTACACTAGGCTACAGTTCAT
                                      ttatctaaaatgtata  TA-rich tract