1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtttactatttttttcttactggtcatttatttcttcattattttagcaatatagtcgagcttcgacattccagggtgccattatgttcaaagattatacagtgaatttgcaagtgaaatgatctttgttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCAGCATAGCAAGCCTAAGCCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G035395_T01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCAEST: gi|71760108|gb|DR958045.1|DR958045
genomic: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAGgtttactatt ... ttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCA
EST: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCAEST: gi|211112826|gb|FL033804.1|FL033804
genomic: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAGgtttactatt ... ttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCA
EST: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAG TGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCA
genomic: GAACAAAGAGGTCTAGAGAAGGAAGAGGAAGACTACTTCAATAAGGATAGgtttactatt ... ttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCA
atgttcaaagattatacagtgaatttgcaagtgaaatgatctttgttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCAGCATAGCAAGCCTAAGCCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
tctttgttcttcct CT-rich tract
aaagattata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttactatttttttcttactggtcatttatttcttcattattttagcaatatagtcgagcttcgacattccagggtgccattatgttcaaagattatacagtgaatttgcaagtgaaatgatctttgttcttcctagTGATGAAGAAGATTCAGGCTCCGGCCGGCGGGATAAACATGCACAGAACCAGCATAGCAAGCCTAAGCCCAAGGTCCCTAATGGAAGTGAAGCTGATGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT