Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtgttttcgaaaagactagttttgttctggccatgtatggatttctgtatgcaaatgcatttcattggtaaatgtgtactaccatacttgttcccagtatctctccccccttttagcaatcatgcttgaacattcttgttgttctttgttttaaccccttcaaattgctggcacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGGGAATATCTCAAAAAGATGTCAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G035150_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G035150_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g64219.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtcagtgttttcgaaaagactagttttgttctggccatgtatggatttctgtatgcaaatgcatttcattggtaaatgtgtactaccatacttgttcccagtatctctccccccttttagcaatcatgcttgaacattcttgttgttctttgttttaaccccttcaaattgctggcacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGGGAATATCTCAAAAAGATGTCAAA
                                                                                       || |||| |      |||       | | ||| |||   | |||   ||| ||  || |||  | ||| ||||  | ||                |||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||  |||
------------------------------------------------------------------------------------gttattcttggtgaagtcatcatgttttcttgtta-caactctacttcctcat-ctcatttttccctttttcaaccgttcca----------------cagCTTGAGTCTTATCCGGAAATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGATTATAGGGAATATCTAAAAAAGATGATAAA

upper sequence: GRMZM2G035150_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g39230.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gtcagtgttttcgaaaagactagttttgttctggccatgtatggatttctgtatgcaaatgcatttcattggtaaatgtgtactaccatacttgttcccagtatctctccccccttttagcaatcatgcttgaacatt-cttgttgttctttgttttaaccccttcaaattgctggcacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGGGAATATCTCAAAAAGATGTCAAA
                                                                                                   ||| |   | |   | |   |   || || | ||||  | |||||   |  |  | ||  ||| ||  || || |         |||||||| ||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| || |
------------------------------------------------------------------------------------------------gttagtgttggtgcagtcatcatgttttcttgttagaactctacttgtccatgctcatgttt-cccttttgaactgtt------ccacagCTTGAGTCTTATCCTGAAATTTATGCGGGTTATGTCCCTATGGATTATAGGGAATATCTGAAGAAGATGACAGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74235678|gb|DT643592.1|DT643592
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|78092883|gb|DV521257.1|DV521257
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|71427954|gb|DR809004.1|DR809004
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGGAGCAG                         CTTGAATCGCATC
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATC
EST: gi|76289426|gb|DV028994.1|DV028994
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|71427953|gb|DR809003.1|DR809003
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|86466720|gb|DY233090.1|DY233090
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|71427180|gb|DR808230.1|DR808230
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|50324081|gb|CO519207.1|CO519207
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|50331811|gb|CO526937.1|CO526937
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|78080763|gb|DV509175.1|DV509175
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
EST: gi|76291810|gb|DV031378.1|DV031378
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGC
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGC
EST: gi|50327716|gb|CO522842.1|CO522842
EST:     ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAG                         CTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG
genomic: ACCGAACTCCTGAACATCACAGATTTGTCCGGCAGCAAGTGGTGAAGCAGgtcagtgttt ... cacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacattcttgttgttctttgttttaaccccttcaaattgctggcacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGGGAATATCTCAAAAAGATGTCAAA
                      ttttaac  putative branch site (score: 2)
                  tttgttttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcagtgttttcgaaaagactagttttgttctggccatgtatggatttctgtatgcaaatgcatttcattggtaaatgtgtactaccatacttgttcccagtatctctccccccttttagcaatcatgcttgaacattcttgttgttctttgttttaaccccttcaaattgctggcacctggcagCTTGAATCGCATCCTGAGATTTATGCAGGATATGTCCCTATGGACTACAGGGAATATCTCAAAAAGATGTCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG