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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttttttctagaagtctctactggttcatatatttttatctgtttcagtgttgggctgtgatgcactactattataaaatatgttgatctgctacacattatccttttctttgtgcaacgctcaaattcgtattatgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G030784_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71325325|gb|DR799341.1|DR799341
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EST: gi|71433476|gb|DR814526.1|DR814526
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EST: gi|213178228|gb|FM191284.1|FM191284
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EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCANGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
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EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
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EST:     TTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCACCTCAAGCTCAAGGAA                         GTGCACCCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGT
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EST: gi|31355762|gb|CD440119.1|CD440119
EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
EST: gi|93283118|gb|EB675382.1|EB675382
EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
EST: gi|60348349|gb|DN215322.1|DN215322
EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
EST: gi|67035472|gb|CO464005.1|CO464005
EST:     TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAA                         GTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT
EST: gi|89250828|gb|DY622614.1|DY622614
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genomic: TTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 400

AGAAGATCAAGGACTGGAGCAACGTAGTTGTTGCCTATGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 853

AGAAGATCAAGGACTGGAGCAACGTAGTTGTTGCCTATGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1083

AGAAGATCAAGGACTGGAGCAACGTAGTTGTTGCCTATGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 563

AGAAGATCAAGGACTGGAGCAACGTAGTTGTTGCCTATGAACCAGTTTGGGCTATTGGAACTGGTAAAGTTGCCACCCCAGCTCAGGCTCAGGAAgtaagttttt ... atgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctacacattatccttttctttgtgcaacgctcaaattcgtattatgttcccagGTGCACGCCTCCCTGAGGGATTGGCTAAAGACCAATGCCAGCCCTGAGGTTGCTGAATCTACTAGGATCATCTACGGAG
                                              tgttccc  CT-rich tract
                                         tattatgtt  TA-rich tract