1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgtattgccatgtgggtagcacttctttctcaatagcttgattgtagtctcatattctcatttgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACACCCATCTTGCATCAAACACATTCCTTGTTGGGCATTCAGTGACACTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G029559_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGEST: gi|15426721|gb|BI542543.1|BI542543
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCG
EST: TTGGAAAGGGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGGG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|32823439|gb|CD963161.1|CD963161
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TGGAAAGTGGTTGGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|17921811|gb|BM259462.1|BM259462
genomic: TGGAAAGTGGTT-GTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGEST: gi|56382464|gb|CV985133.1|CV985133
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCG
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|21987889|gb|BQ779417.1|BQ779417
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|32942861|gb|CF047680.1|CF047680
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TGGAAAGTGGTTGGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|32807718|gb|CD959952.1|CD959952
genomic: TGGAAAGTGGTTG-TACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|30087596|gb|CB885802.1|CB885802
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCAEST: gi|32908341|gb|CF013154.1|CF013154
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCA
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|213175370|gb|FM190159.1|FM190159
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|26456546|gb|CA828129.1|CA828129
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|211045445|gb|FL056738.1|FL056738
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCC-TATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCEST: gi|20301474|gb|BQ164417.1|BQ164417
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|31406016|gb|CD484748.1|CD484748
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGNTCCCTGAACEST: gi|74237946|gb|DT645860.1|DT645860
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGNGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|31359821|gb|CD444178.1|CD444178
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|21331579|gb|BQ486960.1|BQ486960
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACEST: gi|548017|gb|T25217.1|T25217
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
EST: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTG ACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
genomic: TTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattg ... tgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAAC
agcacttctttctcaatagcttgattgtagtctcatattctcatttgctcaacagACAGAAGAATCAGCCATTGCTGCTTTGAAGAGAGCATTCGGTTCCCTGAACACCCATCTTGCATCAAACACATTCCTTGTTGGGCATTCAGTGACACTTG
gcttgat putative branch site (score: 346)
ttctcattt putative PPT
tcatatt TA-rich tract