ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...acatttgaagcaagcataaagttccttggagtacatgacattattgaaatgatgtgagttcaaccttacagaggtgtaacaactattgctgcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G026311_T02
intron #	6
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G026311_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g36020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6

acatttgaagcaagcataaagttccttggagtacatgacattattgaaatgatgtgagttcaaccttacagaggtgtaac---aactattgctgcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA
  |  | ||| |    |    |        |||  ||||| | ||   |   |   | ||       |   |  |  |||         |  | | | | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||| |  | | ||  || | ||
-taaataaagtacttttcgtatgtgcatctgtat-tgacacttttatgaacgt-caaattttttggcatctatatccaactctggtctctattacataaacagGAAGGGCTTGCGATGATCGACGATGGGCACAGGGATGGCAAGCGCAGATACTGGTTCCCGTGCGTCACTCTCAGCTCTGACTCTACTGGTGCGGATGCCA

upper sequence: GRMZM2G026311_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os11g44790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

acatttgaagcaagcataaagttccttggagtacatgacattattgaaa--tgatgtgagt-tcaaccttacagaggtgtaac---aactattgctgcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA
|  | | ||  ||| |     ||   |   || |||  |  |||||| |  || | |||   ||      |   |  || |||    |    |  | |   | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||| |||| || ||| |    | ||  || | ||
atgtataaataaagtac----ttttcttatgtgcat--ctctattgacacttgttatgaacgtctttggcatctatatgcaactctgatctctattacacaaacagGAAGGGCTTGCTATGATCGACGATGGGCACAGGGATGGCAAGCGCAGATACTGGTTCCCGTGCGCCACTCTCAGTTCTGACTCGATTGGTGCCGATGCCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|71297620|gb|DR784761.1|DR784761

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATC
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATC

EST: gi|76021476|gb|DT948646.1|DT948646

EST:     TCTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCCCAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|78088647|gb|DV517040.1|DV517040

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|87155520|gb|DY400309.1|DY400309

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|78088648|gb|DV517041.1|DV517041

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|32846677|gb|CD986358.1|CD986358

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|5018429|gb|AI714622.1|AI714622

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|101396301|gb|EB820076.1|EB820076

EST:     TCTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATTGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|211125818|gb|FL435219.1|FL435219

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|71330916|gb|DR802256.1|DR802256

EST:     TTTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|71297617|gb|DR784760.1|DR784760

EST:     TCTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|71425708|gb|DR806846.1|DR806846

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|21809751|gb|BQ668069.1|BQ668069

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGA
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGA

EST: gi|71425707|gb|DR806845.1|DR806845

EST:     TTTCATGGTTTACTGGGCGTGCGATTGATGTTCTTGAAACTTTGCTCAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATTGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|78026633|gb|DV495020.1|DV495020

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

EST: gi|5686760|gb|AI939853.1|AI939853

EST:     TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTGAAG                         GAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT
genomic: TCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATAT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 64

GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAGgtaatctgcc ... gcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 38

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 38

Block sizes: 48 (upstream exon), 39 (downstream exon)
Score: 26

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaatgatgtgagttcaaccttacagaggtgtaacaactattgctgcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA

                            gtgtaac  putative branch site (score: 26)
                                   aactatt  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acatttgaagcaagcataaagttccttggagtacatgacattattgaaatgatgtgagttcaaccttacagaggtgtaacaactattgctgcttgagcagGAGGGGCTTGCTATGATCGACGATGGCCACAGGGATGGCAAGCGAAGATATTGGTTCCCATGCGTCACTGTCAGCTCCGACACAGCAGCTGTTGAAGTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG