1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...taagtttcacaatgtcaagtctctctctttctctctcccaggtctttttttgcttttattgtgcaatgtttttgtaataatgcatagttgcacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G024690_T02 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGGGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|148931986|gb|EC875260.2|EC875260
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGAEST: gi|91870315|gb|EB400812.1|EB400812
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGA
EST: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|78117592|gb|DV535979.1|DV535979
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|149104180|gb|EE289614.2|EE289614
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|211453580|gb|FL021064.1|FL021064
genomic: AATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: ATGGGTGTTTCT-ATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGAATGGTGGGGATT-GTTTATAAATTATGGEST: gi|211453582|gb|FL021066.1|FL021066
genomic: ATGG-TGTTTCTTATAGCTGCTACAACATTCACCCTTCTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGG-ATTTGTTTATAAATTATGG
EST: TGTTTTCTTATAGCCTGCTACAACAATTCACCCTTTTCTCAAGCTGTCTG GGTGAATGTTGGGTGCATTTGGGGATGGGTGGG
genomic: TGTTT-CTTATAGC-TGCTACAACA-TTCACCCTT--CTCAAGCTGTCTGgtaagttttg ... cacatggcagG-TGA-TGTTGG-TGC-TTTGGG-ATGG-TGGG
ttttttgcttttattgtgcaatgtttttgtaataatgcatagttgcacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
aatgtttttgtaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taagtttcacaatgtcaagtctctctctttctctctcccaggtctttttttgcttttattgtgcaatgtttttgtaataatgcatagttgcacatggcagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgcata