Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgagtgggggcacatgactgagttgcttaatagtaaaaaatgttctcccatctatcataagtcataactaaaattatcatatatttactgccttttcagATATGTTGCCCTAAACATGCTTATGAAGGCCATTGCCGTGGACACACAAGCGGTGCAGAGGCACAGGGCAACAATTTTAGAGTGCGTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017421_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017421_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g07090.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--atgagtgggggcacatgactgagttgcttaatagtaaaaaatgttctcccatctatcataagtcataactaaaattatca-tatatttactgccttttcagATATGTTGCCCTAAACATGCTTATGAAGGCCATTGCCGTGGACACACAAGCGGTGCAGAGGCACAGGGCAACAATTTTAGAGTGCGTCAAG
  |||   ||    |||    ||  |   |||   ||    | |  |     ||   ||  |  | | |  |||  || ||| | |   |||||   ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  || ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||
aaatggagggaataacacatttgtatgatttaggtgttttgactagtaaaatattcttc-catatgagagataa--ttctcagtgtgcatactgtgctttcagATATGTTGCTCTGAACATGCTTATGAAGGCCATGGAGGTAGACACGCAAGCAGTGCAGAGGCATAGAGCAACAATATTAGAGTGTGTCAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcccatctatcataagtcataactaaaattatcatatatttactgccttttcagATATGTTGCCCTAAACATGCTTATGAAGGCCATTGCCGTGGACACACAAGCGGTGCAGAGGCACAGGGCAACAATTTTAGAGTGCGTCAAG
                     aactaaa  putative branch site (score: 2)
                                       tttactgccttttc  putative PPT
        tatcataagtcataac  TA-rich tract