Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgatgctcaccttgacatgtctctgcaaaacttgtcagtagcatttattgaccattttgcattgcctgggagtttgattatctttgcctgtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014313_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014313_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os09g32220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-----gtactgatgctcaccttgacatgt--ctctgcaaaacttgtcagtagcatttattgaccattttgcattgcctgggagtttgattatctttgcctgt--atgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG
      ||   | | ||||    |  ||   || ||  | | || |   |    | | ||||   |  |   ||| || ||||||| || || |||   |    |  |||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||| || ||||||
gttagataacaaag-tcactcctatgtggaactttgtcatatttatggat----tctcttgattgtgctttgttgtcttggagttttatgatttttttttcatgacctgcagCTAATGATGATGCACAAAAGATGATGCAGATGGGTGGGGGATTTGGCGGTAATCCCACAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12970851|gb|BG267190.1|BG267190
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|14585636|gb|BI135388.1|BI135388
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|60338600|gb|DN205573.1|DN205573
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|86468606|gb|DY234976.1|DY234976
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|5650204|gb|AI920564.1|AI920564
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211150578|gb|FL418267.1|FL418267
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|78092972|gb|DV521346.1|DV521346
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|60401153|gb|DN233960.1|DN233960
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|71443118|gb|DR824168.1|DR824168
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|71324326|gb|DR798864.1|DR798864
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|37399865|gb|CF637274.1|CF637274
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|78121870|gb|DV540254.1|DV540254
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|45847449|gb|CN071392.1|CN071392
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|33104091|gb|CF064051.1|CF064051
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCCGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|31356975|gb|CD441332.1|CD441332
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211069861|gb|FL218069.1|FL218069
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CA-CTGATGATGCACAGAAGA-GATGCAAATGGGTGG
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGG
EST: gi|94477440|gb|EB706398.1|EB706398
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATG
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATG
EST: gi|113840915|gb|DW966256.1|DW966256
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGA
EST: gi|71446698|gb|DR827748.1|DR827748
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|91055764|gb|EB166182.1|EB166182
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCNAATGGGTGGTGGATTTGGATTTT
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|14717593|gb|BI245243.1|BI245243
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|18181187|gb|BM382397.1|BM382397
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|78025548|gb|DV493935.1|DV493935
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211212163|gb|FL396523.1|FL396523
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|16917576|gb|BM073349.1|BM073349
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211434223|gb|FL403309.1|FL403309
EST:     TTTATTCGGCTTAAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|60398183|gb|DN230999.1|DN230999
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|148954192|gb|EC899598.2|EC899598
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|31356132|gb|CD440489.1|CD440489
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|32851266|gb|CD990947.1|CD990947
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|14202406|gb|BG836083.1|BG836083
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTTATGAWGCACAGAAGAAGATGCAAATGGGTGGTTGGATTTGGATTT
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGT-GGATTTGGATTT
EST: gi|15554277|gb|BI644275.1|BI644275
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|67020108|gb|CO448857.1|CO448857
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAA-CG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGGTGGTGGATTTGGATTT
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGG-TGGTGGATTTGGATTT
EST: gi|32864289|gb|CF003971.1|CF003971
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|94473567|gb|EB702525.1|EB702525
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|31356090|gb|CD440447.1|CD440447
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGNNATT
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGG--ATT
EST: gi|78090530|gb|DV518904.1|DV518904
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|60350629|gb|DN217602.1|DN217602
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|18176929|gb|BM378139.1|BM378139
EST:     GAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: GAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|15590499|gb|BI675115.1|BI675115
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|50337384|gb|CO532510.1|CO532510
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|71324327|gb|DR798865.1|DR798865
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|91875885|gb|EB405842.1|EB405842
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCATTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGGGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|71439477|gb|DR820527.1|DR820527
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211010152|gb|FL113899.1|FL113899
EST:     ATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: ATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|4886165|gb|AI677285.1|AI677285
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|32935399|gb|CF040211.1|CF040211
EST:     AGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: AGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211010153|gb|FL113900.1|FL113900
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|15053715|gb|BI359260.1|BI359260
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211010150|gb|FL113897.1|FL113897
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|60356673|gb|DN223646.1|DN223646
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|211063347|gb|FL405204.1|FL405204
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|31356942|gb|CD441299.1|CD441299
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|93014361|gb|EB639881.1|EB639881
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
EST: gi|32937025|gb|CF041844.1|CF041844
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATG
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATG
EST: gi|32936182|gb|CF040994.1|CF040994
EST:     TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG                         CAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA
genomic: TTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 422

GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 450

GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 568

GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 384

GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACGgtactgatgc ... gtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattgaccattttgcattgcctgggagtttgattatctttgcctgtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG
                            tttgattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactgatgctcaccttgacatgtctctgcaaaacttgtcagtagcatttattgaccattttgcattgcctgggagtttgattatctttgcctgtatgtgcagCAACTGATGATGCACAGAAGATGATGCAAATGGGTGGTGGATTTGGATTTAACCCAACAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA