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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgtacatgatacactgagatatcagttcataacaaatcacactagaatattatcttctcttcttatccaaagtaccaatattaaactaaattattaacagGAAGCACAAAGTCGAGTTGCAGCTTTTGCTCTATATCAATTTTTTGCTGACCTTCCACTACGTCAACTGCTTACTGAGCCATACTCATCACTTATTTTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013283_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G013283_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os04g35260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
----cgtacatgata-cactgagatatcagttcataacaaatcacactagaatattatcttctcttct-tatccaaagtaccaatattaaactaaattattaacagGAAGCACAAAGTCGAGTTGCAGCTTTTGCTCTATATCAATTTTTTGCTGACCTTCCACTACGTCAACTGCTTACTGAGCCATACTCATCACTTATTTTAA
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tattctgatttcataatactgagaaaagaatatacatatcatcattcc------ttgtctagaattgtatttctgaacaataaacatttgctgaattggtcgacagGAAGCACAAAACAGAGTGGCAGCTTTTGCTCTATATCAATTTTTCGCTGATCTTTCATTGCGCCAATTGCTTATTGAACCATATGCATCACTTGTTTTAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatattatcttctcttcttatccaaagtaccaatattaaactaaattattaacagGAAGCACAAAGTCGAGTTGCAGCTTTTGCTCTATATCAATTTTTTGCTGACCTTCCACTACGTCAACTGCTTACTGAGCCATACTCATCACTTATTTTAA
                                      aactaaa  putative branch site (score: 2)
                       aaagtaccaatattaa  TA-rich tract