Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtattgtaaacaatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactcatgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatattatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G001713_T01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G001713_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
---------gtgagtattgtaaa-----caatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactc--------atgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatatta---tggtgtc--------cctgtacct-catttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG---
         |  | | || |  |     |    ||||||  ||   |||   |    |  ||||        ||  |   |  ||         ||||  || ||||| | |    ||  ||         ||||||   |  |  ||||||  | || || |||  ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   ||| | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   
gtaagaactgcaaatgtttttcaagtgtctgaatctgtaaagtaggatattttcgttttgactcgattagcgattttggtgtcaagtgctatatcaattatgacttatttgagatcggattcgtaggcaatctgtactcactctcatttcttctccatgtggtatgtaaacacagTGCTGGAATTAAGAGCGTAGTAGATGATGAAGCTGGGGAATCGAATGGT---CTCCAAAGTGGTCCCATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTTGTATGGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31361595|gb|CD445952.1|CD445952
EST:     ATCTGTTCCCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|60350441|gb|DN217414.1|DN217414
EST:     ATCTGTTTTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACCCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|211222666|gb|FL222431.1|FL222431
EST:     ATCTGTTCCCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|4776420|gb|AI665423.1|AI665423
EST:     GCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: GCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|50338071|gb|CO533197.1|CO533197
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACCCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|60350240|gb|DN217213.1|DN217213
EST:     ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACCCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: ATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|9953067|gb|BE639650.1|BE639650
EST:     TCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: TCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|9953068|gb|BE639651.1|BE639651
EST:     TTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: TTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|4804596|gb|AI665619.2|AI665619
EST:     TGTGC-CTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: TGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|37378759|gb|CF626087.1|CF626087
EST:     CATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGTAATCAAATGGTGG
genomic: CATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|78026300|gb|DV494687.1|DV494687
EST:     GCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: GCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|5456136|gb|AI833826.1|AI833826
EST:     CTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: CTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
EST: gi|211224720|gb|FL222438.1|FL222438
EST:     TCTGTTAC-CAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAG                         CGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG
genomic: TCTGTT-CTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 618

ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 1230

ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 574

ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 682

ACACAACCAGCGAAGATCTGTTCTCAGGTTGGTCTGTGCACTTTTGATGGCACTCATGGTGTCAGgtgagtattg ... acaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG
                     atttgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtattgtaaacaatgtctgtagtgtgacatagcctgccatgaactcatgataacgataaccatctgggcaatcctgtcttatattatggtgtccctgtacctcatttgtttctttgctatatgctatacaaacacagTGCTGGAATTCGGAGCGTAGTGGATGATGAAGCTGGGAAATCAAATGGTGGTCTCAAGAGTGATCCAATGTGCAATGCCTGTGAGATGGCTGTGGTATGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG