1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgttgtgtgcttcttttaaattctcctcgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G000510_T03 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAAGTCA-GCAG TCAATTTTGAAACTCCCEST: gi|71332543|gb|DR803241.1|DR803241
genomic: TGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAA-GTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCC
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|78109061|gb|DV527478.1|DV527478
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|31348998|gb|CD433355.1|CD433355
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGCGTTCACACATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|50333857|gb|CO528983.1|CO528983
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAGGCAG GCAATTTTGAAACTCCCTGAGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71332542|gb|DR803240.1|DR803240
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: CAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|31363588|gb|CD447945.1|CD447945
genomic: CAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGNGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76292714|gb|DV032282.1|DV032282
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTGGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|89249688|gb|DY621474.1|DY621474
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGGCAGTTATGATCAAGTCCAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGEST: gi|31349105|gb|CD433462.1|CD433462
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGG
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71758598|gb|DR956535.1|DR956535
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: CAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|149014447|gb|EE044057.2|EE044057
genomic: CAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|50324459|gb|CO519585.1|CO519585
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71437614|gb|DR818664.1|DR818664
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76291091|gb|DV030659.1|DV030659
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|148932353|gb|EC875981.2|EC875981
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71437391|gb|DR818441.1|DR818441
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76281516|gb|DV021084.1|DV021084
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAA-GATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71447490|gb|DR828540.1|DR828540
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76294190|gb|DV033758.1|DV033758
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCCTTTTEST: gi|93015136|gb|EB640656.1|EB640656
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTEST: gi|6501109|gb|AW202482.1|AW202482
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|148954532|gb|EC899968.2|EC899968
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|12045964|gb|BF727999.1|BF727999
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|78179369|gb|DV549742.1|DV549742
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAEST: gi|78109062|gb|DV527479.1|DV527479
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAA
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGGCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTTGAAACTCCCTGGGTTCEST: gi|6827024|gb|AW330667.1|AW330667
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTT-GAAACTCCCTGGGTTC
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|71758726|gb|DR956663.1|DR956663
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|4886008|gb|AI677128.1|AI677128
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76292715|gb|DV032283.1|DV032283
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|88751922|gb|DY536063.1|DY536063
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTEST: gi|148931428|gb|EC874386.2|EC874386
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTEST: gi|76911479|gb|DV164289.1|DV164289
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTTGAA-CTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTEST: gi|67028232|gb|CO456981.1|CO456981
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTT-GAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCCACCTTTTEST: gi|149110174|gb|EE293989.2|EE293989
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCC-ACCTTTT
EST: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAG TCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
genomic: ATGCTATCATCAATGCTGCTGAGTTGGCCAGTTATGATCAAGTCAAGCAGgtgttgtgtg ... cttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTT
cgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG
tcctcac putative branch site (score: 2)
ctgtcctt putative PPT
tatacata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgttgtgtgcttcttttaaattctcctcgaataactccatcggctcttcctcacttgcctatacatactgtccttgctgcagTCAATTTTGAAACTCCCTGGGTTCAAAGATGATGTGGTCACCCACCTTTTTGCTGGTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT