Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaaaaaacgttggactctgaattaatggcttcagtctctgcctgtaggtgataccttcctcaagtgcgactgagactgacaaacagttatcttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTTTTGTGAAGACGCTAAAGAATGAT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000510_T02
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000510_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os11g48040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gaaaaaacgttggactctgaattaatggcttcagtctctgcct--gtaggtgataccttcctcaagtgcgactgagactgacaaacagttatcttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTTTTGTGAAGACGCTAAAGAATGAT
|     |   |  |   || |||     || | || | |  ||  |||  ||| |  || ||  | |   ||   |||||| ||  |   |  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||
gtggttattatcaaggatgtattgtatactactgtatatttcttggtaactga-atattactatattagtacctggactgataagaaac-acattctcacagGTCAAGTCAAGAATGATGGGTGACTCGGCCTACACAAGTACTATTGATTGTTTCGTGAAGACGCTGAAGAATGAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149014447|gb|EE044057.2|EE044057
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTAC
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTAC
EST: gi|71332543|gb|DR803241.1|DR803241
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTCTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|78109061|gb|DV527478.1|DV527478
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|211234202|gb|FK951230.1|FK951230
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|31349105|gb|CD433462.1|CD433462
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|71447490|gb|DR828540.1|DR828540
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|6827024|gb|AW330667.1|AW330667
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGCTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|71332542|gb|DR803240.1|DR803240
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTCTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|76292714|gb|DV032282.1|DV032282
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|31363588|gb|CD447945.1|CD447945
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACT
EST: gi|76292715|gb|DV032283.1|DV032283
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGAT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGAT
EST: gi|71758598|gb|DR956535.1|DR956535
EST:     GTCTTGGTGCGGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|211425383|gb|FL463585.1|FL463585
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|110210924|gb|EC892821.1|EC892821
EST:     TTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: TTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|12045964|gb|BF727999.1|BF727999
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGG
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|6501109|gb|AW202482.1|AW202482
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|76291091|gb|DV030659.1|DV030659
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|148954532|gb|EC899968.2|EC899968
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GGTAAGTCGAGAATGATGGGTGA
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGA
EST: gi|76911479|gb|DV164289.1|DV164289
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GT-AAGGTCGAGAATG
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAG-TCGAGAATG
EST: gi|71758726|gb|DR956663.1|DR956663
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|76294190|gb|DV033758.1|DV033758
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGT-CCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCG
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCG
EST: gi|4886008|gb|AI677128.1|AI677128
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|149110174|gb|EE293989.2|EE293989
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTG
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTG
EST: gi|211234201|gb|FK951229.1|FK951229
EST:     CCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
genomic: CCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGT
EST: gi|71437614|gb|DR818664.1|DR818664
EST:     GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTG                         GTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTAACAAA-GCACTCTCGATTG
genomic: GTCTTGGTGCTGGCTTCTTTGCTGTTTGTGTTGGTTCCCCAGTTGATGTGgtaagatgtc ... cttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTA-CAAAAGCACTCTCGATTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggtgataccttcctcaagtgcgactgagactgacaaacagttatcttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTTTTGTGAAGACGCTAAAGAATGAT
                            gactgac  putative branch site (score: 2)
                                         ttatcttctt  putative PPT
                                         ttatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaaaaaacgttggactctgaattaatggcttcagtctctgcctgtaggtgataccttcctcaagtgcgactgagactgacaaacagttatcttcttgcagGTTAAGTCGAGAATGATGGGTGACTCAGCCTACAAAAGCACTCTCGATTGTTTTGTGAAGACGCTAAAGAATGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA