Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattagtgttttaaatctattagaactggagttatgtgttccaacggctggttaccttttactctgtgcaagtattctgatatgcgtcctatatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTTCCAGCCACCACCGTAGCTCTGGGACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G896082_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G896082_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g64020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
-gtaaattagtgttttaaatctattagaactggagttatgtgttccaacggctggttaccttttactctgtgcaagtattctgatatgcgtcctatatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTTCCAGCCACCACCGTAGCTCTGGGACT
  || |  | |  | |  ||  ||         | |||  | | |  ||      |||       || | |   | ||||    |||   | |||  | |   ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||| |||||
catacaacactcatctccatgcatcttgctc--atttaaatttactgacaa---attaaaagggcctttttctgactatttatttatttatgctacctggcgcagGTGTACAGTGATTTGACCGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTGCTAAATGTTCCAGCAACTACTCTTGCTCTAGGACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149051802|gb|EE155929.2|EE155929
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|149070758|gb|EE159171.2|EE159171
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71325794|gb|DR799576.1|DR799576
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|76293829|gb|DV033397.1|DV033397
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGT
EST: gi|50329134|gb|CO524260.1|CO524260
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCC
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCC
EST: gi|148959398|gb|EC905432.2|EC905432
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTTGA-TGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTT-GAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGT
EST: gi|78092904|gb|DV521278.1|DV521278
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71449206|gb|DR830256.1|DR830256
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|74239749|gb|DT647663.1|DT647663
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71435282|gb|DR816332.1|DR816332
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATTGT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAAT-GT
EST: gi|93014353|gb|EB639873.1|EB639873
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71773101|gb|DR971019.1|DR971019
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|149097127|gb|EE182939.2|EE182939
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|211033504|gb|FL333366.1|FL333366
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAAATGT-GACTACCTAAAAGATGTTCCTCCTAA-TG
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAA-TGTTGACTACCTAAA-GATGTTCCTCCTAAATG
EST: gi|149111107|gb|EE294603.2|EE294603
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|149058763|gb|EE156781.2|EE156781
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71322554|gb|DR797954.1|DR797954
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|148971891|gb|EE022659.2|EE022659
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTC-TAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|78114034|gb|DV532423.1|DV532423
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATG
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATG
EST: gi|71775245|gb|DR973123.1|DR973123
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|71763483|gb|DR961420.1|DR961420
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCTTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|89757906|gb|DY687292.1|DY687292
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCCGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTTCTCCTAAATG
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATG
EST: gi|13516143|gb|BG518419.1|BG518419
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|149011246|gb|EE042332.2|EE042332
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|78107802|gb|DV526220.1|DV526220
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
EST: gi|148949267|gb|EC894710.2|EC894710
EST:     GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAG                         GTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT
genomic: GCAGTGTCATTGTGAAGGAGGGTCCCAGGTGCAGCCTAAGGACTCATAAGgtaaattagt ... tatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctggttaccttttactctgtgcaagtattctgatatgcgtcctatatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTTCCAGCCACCACCGTAGCTCTGGGACT
                            ttctgat  putative branch site (score: 3)
          ttttact  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaattagtgttttaaatctattagaactggagttatgtgttccaacggctggttaccttttactctgtgcaagtattctgatatgcgtcctatatcgtatagGTGTACAGTGACTTGAATGTTGACTACCTAAAGATGTTCCTCCTAAATGTTCCAGCCACCACCGTAGCTCTGGGACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG