Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaggctattaacgaagtggccagttttgttgtgaaagtatattctgttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G866758_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
-------gaggctatta-acgaagtggccagttttgttgtgaaagtatattctgttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG
       | ||  |||| ||  | |   ||||||     | ||| |||||   |||| |||||     || | |  || | || |||  |    |  ||   |||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||  ||||| |||
cttcactgtggtaattagacatatttctcagtttgaaatttaaaatatatgaggttcttgttttg---gcttatgtacagttt-taattt----atgtatgtttgcagAAAAGGATCTCGTTTTGGACATGACACTCTTGTTGATGGCATGCTTAAAGATGGCCTTTGGGATGTATACGGTGATTTTGCCATGGGAAATTGTGCTGAG

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT5G48230.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gaggctattaacgaagtggccagttttgttgtgaaagtatattctgttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG
             || ||    ||  | ||  | ||  || |  | ||  |  |  |  |||||      | |||||  |  |  | ||       |||||||||| |||||||||||||||||  |  | || ||||  ||| | |||||||| || |||||||| || || || ||||  |||||||  ||||| || 
----------gtaaaatgat--gtggttttacggaatcatttggtctttttactcta--tgcatcattgtttcttattcggattttgat-------gcagGAAGGGATCTCGTTTTGGTCATGATTCTTTAGTAGATGGAATGTTGAAGGATGGACTATGGGATGTCTATAACGACTGTGGGATGGGAAGCTGTGCAGAA

upper sequence: GRMZM5G866758_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gaggctattaacgaagtggccagttttgttgtgaaagtatattctgttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaa-ttgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG
    | |   |    |   | ||| |   |   ||    |  ||  ||  |    ||     | ||  |||| |  | |   |  |   || || |||||||||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||   |  |||||  | ||||| || 
-tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgcttcagaagcaagaattttactggtgcttattctattgtctaaaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087735|gb|DV516128.1|DV516128
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|33771209|gb|CF273388.1|CF273388
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148999650|gb|EE036638.2|EE036638
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149101180|gb|EE187290.2|EE187290
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149017000|gb|EE045657.2|EE045657
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211145464|gb|FL359543.1|FL359543
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTG
EST: gi|76284260|gb|DV023828.1|DV023828
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|32864391|gb|CF004073.1|CF004073
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149081077|gb|EE170177.2|EE170177
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148983224|gb|EE029187.2|EE029187
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|148965993|gb|EE016923.2|EE016923
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149009773|gb|EE041672.2|EE041672
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211292808|gb|FL187022.1|FL187022
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|76017959|gb|DT945129.1|DT945129
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|71327673|gb|DR800451.1|DR800451
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|31353258|gb|CD437615.1|CD437615
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|78091716|gb|DV520090.1|DV520090
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|67042602|gb|CO468857.1|CO468857
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|76921562|gb|DV168618.1|DV168618
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|50324587|gb|CO519713.1|CO519713
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaatt ... acaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcatgtttaaagtgcatttcaactgcttataagcttgctaattacaattgcagGAAGGGGTCTCGTTTTGGTCATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGGCTTTGGGATGTATACAATGATTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAG
                                     tgctaat  putative branch site (score: 2)
                                        taattacaatt  TA-rich tract