Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------------------gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttc----actgtctggcaccttggcttacagttttattttg---tttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
                                                             |    | ||||      |      ||| | ||     | |   |  ||  ||   |    | |  | |||     |||| |     |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtgaacactttttccc-gttcaagcatcagtgtt---cactgtctggc--accttggcttacagttttattttg--tttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
||   || |  ||    | ||  | || | |||    |  ||||| |   |  || |     | |   |||||   |||  |  ||| |||||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |
gtaggcaatgcttgtgagatcttgtatgaatgtcatgccttgtctagtctagtttagaaatgaatccaatttttgctttccttccttgcagAATGATTGGAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTCCTTGGGGAAGCTCCCCACAAATTTAAAAGCGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----------gtgaac--actttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttatt---ttgtttaata-tcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
           |  |||     |||| ||    ||||    ||     |  |         | |  |     || |     ||||||  |  |||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| || |    |||  | || ||||| || | |||||| |
ttgtgatggttgccaacttgtgtttttcctgcaaagctgtggttccatcaatgcaattatctagactgtgaattaaaaaaattgtttggttctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S145_164V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
-----gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgtt--cactgtctggc---accttggcttacagttttattttgtttaat--atcttc-----cagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
     ||| |||   |||    |||   ||||||  |   | |||||       |  | || ||||| ||   | |    | |   || ||      ||||| |||||| ||||||| |||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||   ||||  |||   || |||||| | || |  || |  |
ttcatgtgtacatgattttggtttcccacatcaggatcaacgctgtcctctttgatttgggtttacatttacttctgaactcacccatgtttgtctgcagAACGACTGGAATGTGGTGAAAAATGGTTGGGATGCTCAGGTGCTTGGAGAAGCTCCCCACCGGTTCACTAGTTGCCTCGAGGCTTTAAAGAAGCTTAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330938|gb|DR802276.1|DR802276
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCTCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102738|gb|CF062698.1|CF062698
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|32838945|gb|CD978626.1|CD978626
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102662|gb|CF062622.1|CF062622
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33101245|gb|CF061205.1|CF061205
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146005|gb|FL283895.1|FL283895
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|6564080|gb|AW231702.1|AW231702
EST:     ACATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|20301448|gb|BQ164391.1|BQ164391
EST:     TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGTGATGTGGCTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26457193|gb|CA828776.1|CA828776
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|61236681|gb|DN586426.1|DN586426
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26456432|gb|CA828015.1|CA828015
EST:     GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|33102595|gb|CF062555.1|CF062555
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146004|gb|FL283894.1|FL283894
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
                                             tatcttcc  CT-rich tract
                        ttacagttttattttg  TA-rich tract