Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------------------gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgttc----actgtctggcaccttggcttacagttttattttg---tttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
| | |||| | ||| | || | | | || || | | | | ||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtgaacactttttccc-gttcaagcatcagtgtt---cactgtctggc--accttggcttacagttttattttg--tttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
|| || | || | || | || | ||| | ||||| | | || | | | ||||| ||| | ||| |||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |
gtaggcaatgcttgtgagatcttgtatgaatgtcatgccttgtctagtctagtttagaaatgaatccaatttttgctttccttccttgcagAATGATTGGAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTCCTTGGGGAAGCTCCCCACAAATTTAAAAGCGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-----------gtgaac--actttttcccgttcaagcatcagtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttatt---ttgtttaata-tcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
| ||| |||| || |||| || | | | | | || | |||||| | |||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||| || | ||| | || ||||| || | |||||| |
ttgtgatggttgccaacttgtgtttttcctgcaaagctgtggttccatcaatgcaattatctagactgtgaattaaaaaaattgtttggttctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGG

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S145_164V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
-----gtgaacactttttcccgttcaagcatcagtgtt--cactgtctggc---accttggcttacagttttattttgtttaat--atcttc-----cagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
||| ||| ||| ||| |||||| | | ||||| | | || ||||| || | | | | || || ||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||| || |||| ||| || |||||| | || | || | |
ttcatgtgtacatgattttggtttcccacatcaggatcaacgctgtcctctttgatttgggtttacatttacttctgaactcacccatgtttgtctgcagAACGACTGGAATGTGGTGAAAAATGGTTGGGATGCTCAGGTGCTTGGAGAAGCTCCCCACCGGTTCACTAGTTGCCTCGAGGCTTTAAAGAAGCTTAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|61236681|gb|DN586426.1|DN586426
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|6564080|gb|AW231702.1|AW231702
EST:     ACATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|32838709|gb|CD978390.1|CD978390
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|20301448|gb|BQ164391.1|BQ164391
EST:     TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGTGATGTGGCTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: TTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26457193|gb|CA828776.1|CA828776
EST:     AGATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGCTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|26456432|gb|CA828015.1|CA828015
EST:     GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: GGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146004|gb|FL283894.1|FL283894
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
EST: gi|211146005|gb|FL283895.1|FL283895
EST:     AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAG                         AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA
genomic: AAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 417

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1398

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1032

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 754

GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTAGAGCGAAGGGTGTTGATGCACAAATTGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACGATGGACCGTTATGAGgtgaacactt ... tatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttcactgtctggcaccttggcttacagttttattttgtttaatatcttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGTTGGGATGCCCAAGTGCTTGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
                                             tatcttcc  CT-rich tract
 ttacagttttattttg  TA-rich tract