Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tactttcacttaatctagagatatacacttgttgaatcatactactactacaagttggcacattttgactgcaccttacggtaacaacatacatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCTGGGGAAGGACAGTTGTACACATACATGGTTCTCATCTCTGAAACAACCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G825226_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g56230.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
---------------------------------------tact-ttcacttaatctagagatatacacttgttgaa---tcatactactactacaagttggcacattttgactgcaccttacggtaacaacatacatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCTGGGGAAGGACAGTTGTACACATACATGGTTCTCATCTCTGAAACAACCA
                                        ||  ||   ||| | |  || | |||   | || |    | || | | ||||    | |      ||   | |   | | ||  |         ||||  ||||| ||||||||  |||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gtaagtgagcatagttgatcattaccatttattttatttcaccatttgtttactttctaggt-tactgctattcagtgtttattcaattactgtgtgctctgctgttcatattattcatcac--ttgggttgaccattgtcagGTTCTTCACCACTTGCTGTCAATTATTTCTTTAGTCTATGCTATTTATTCTGAAGAAGGACAGTTGTACACATACATGGTTCTCATCTCTGAAACAACCA

upper sequence: GRMZM5G825226_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G41750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
-----------------------------------------------------------tactttcacttaatctagagatata-cacttgtt--gaatcatactactactacaagttggcacattttgactgcaccttacggtaacaacatacatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCTGGGGAAGGACAGTTGTACACATACATGGTTCTCATCTCTGAAACAACCA
                                                             || | | | ||| |  ||| ||  |||||| |  ||| |   ||     |     | | |    ||| ||   || | |   |||||         | |||||  |||| ||| || | ||  |  |  |  |||  ||||| ||||   |||||||||||||| | ||||||| |||||| || |||||||| ||||| |
gtaaggataatatttttttaacttacatagtttaagccaacctttcatgtgaagttaaactctcttaatcaattttaagaaatttcacttgataggaacccagctggagatgattatggtcgggatttaacctgacttcatattaacattgg-----ttcagGTGATTCATCATCTGTTTTCTTTGGTAGCAGTAGCATATGCAATGTTGACTGGGGAAGGACAGCTTTACACATTCATGGTCCTGATCTCTGAGACAACTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71771874|gb|DR969811.1|DR969811
EST:     GAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: GAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|148934690|gb|EC878738.2|EC878738
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|71771875|gb|DR969812.1|DR969812
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|76925225|gb|DV170328.1|DV170328
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|78112273|gb|DV530667.1|DV530667
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCT
EST: gi|74237536|gb|DT645450.1|DT645450
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|74237535|gb|DT645449.1|DT645449
EST:     GGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCCCCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: GGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|149078049|gb|EE166790.2|EE166790
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|76918369|gb|DV167265.1|DV167265
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
EST: gi|87154553|gb|DY399342.1|DY399342
EST:     ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTAT                         GTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT
genomic: ACCTTGCTATGATATTATGGGCTTATCCTTCTCTTGGTGGAATGGAGTATgtaagtgaat ... acatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactacaagttggcacattttgactgcaccttacggtaacaacatacatttccagGTCCTTCACCATATGCTGTCGCTTATTTCTATAGTCTATGCTATGTATTCTGGGGAAGGACAGTTGTACACATACATGGTTCTCATCTCTGAAACAACCA
                                 cggtaac  putative branch site (score: 3)
                                              catttcc  putative PPT
                                           atacattt  TA-rich tract