1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ggataagattatctaattaatatcttgtgtggaaagcagttcttacttcttgtgacccacacttgaattaggaaacatgtaactaatgatcctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G818887_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGN-GATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATNGT-AGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGGCTA-CTGGATATGACGEST: gi|61236719|gb|DN586461.1|DN586461
genomic: CAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGAT-GTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGG-CTAACTGGATATGACG
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTAC-AAACTCCCCGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|32809166|gb|CD961400.1|CD961400
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACGTTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|78113030|gb|DV531424.1|DV531424
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: TCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|148960724|gb|EE011368.2|EE011368
genomic: TCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|32804145|gb|CD956381.1|CD956381
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAA-CTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|76013821|gb|DT940991.1|DT940991
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|148971663|gb|EE022386.2|EE022386
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|50331764|gb|CO526890.1|CO526890
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|211435031|gb|FL327502.1|FL327502
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CAGAAGATGACAACATTCTTCCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|60342765|gb|DN209738.1|DN209738
genomic: CAGAAGATGACAACATTCTT-CATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|78091451|gb|DV519825.1|DV519825
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|78091450|gb|DV519824.1|DV519824
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|67010369|gb|CO439118.1|CO439118
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|149045355|gb|EE047779.2|EE047779
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|78022213|gb|DV490600.1|DV490600
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATG-TAGGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGEST: gi|211389689|gb|FL031640.1|FL031640
genomic: CAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTA-GCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACG
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|32826943|gb|CD966621.1|CD966621
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|110482572|gb|EE011367.1|EE011367
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|60393918|gb|DN226788.1|DN226788
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|37374451|gb|CF623583.1|CF623583
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|87156323|gb|DY401112.1|DY401112
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|76013820|gb|DT940990.1|DT940990
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|71313247|gb|DR793147.1|DR793147
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|71313249|gb|DR793148.1|DR793148
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|76016276|gb|DT943446.1|DT943446
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|76016277|gb|DT943447.1|DT943447
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAEST: gi|78113031|gb|DV531425.1|DV531425
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
EST: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAAC GTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
genomic: CCAGAAGATGACAACATTCTTCATACCAGAACATATGATGTTAGCATAACgtaagctctt ... cctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGA
cttcttgtgacccacacttgaattaggaaacatgtaactaatgatcctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAG
aactaat putative branch site (score: 2)
tcctatt putative PPT
ttgaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggataagattatctaattaatatcttgtgtggaaagcagttcttacttcttgtgacccacacttgaattaggaaacatgtaactaatgatcctattgcagGTATGACAAGTACTACCAAACTCCACGTGTCTGGCTAACTGGATATGACGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtaa