1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gttgtttagtggtgcattcatttgaacaggttccattaagttaaaatgtctggttatatgccatcaggcattctgattgcttttctaacacctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATGTGTCAATG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G816609_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGCTCTTGGCATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTTAGTCCTGATGCCGATGCCGATEST: gi|87157733|gb|DY402522.1|DY402522
genomic: CTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|32911849|gb|CF016661.1|CF016661
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|89763994|gb|DY690961.1|DY690961
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|26559722|gb|CA831957.1|CA831957
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|67013648|gb|CO442397.1|CO442397
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|67041940|gb|CO468195.1|CO468195
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|71764383|gb|DR962320.1|DR962320
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATEST: gi|22819353|gb|BU499443.1|BU499443
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
EST: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAG GTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
genomic: GACGAGCAGTTCCTCTTGCTCTTGGTATACTCTGCATATCTAATCCCAAGgtatgtgaat ... cctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGAT
atgtctggttatatgccatcaggcattctgattgcttttctaacacctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATGTGTCAATG
ttctaac putative branch site (score: 155)
cctgcctt CT-rich tract
ttttctaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtttagtggtgcattcatttgaacaggttccattaagttaaaatgtctggttatatgccatcaggcattctgattgcttttctaacacctgccttagGTGAATGTTATGGACACACTGAGTAGATTGAGTCATGATGCCGATGCCGATGTGTCAATG
gttgttt
- - - - - - tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattctg