1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tcaagaaaacttgcatcttaaattggtctagtgtatttctaatcgttgcagcgtgtatcttagttttagagttattctaaatttccttctatttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATGTTTACTACCCTTACAATAGTGGCAAGTGGAATTATGTTTAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G461791_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATGGTTGCAATTGTTTGTGGGGTTTCTCAAATAAATTACCTGAACAAG GCATTGGATACCTTTAEST: gi|5932632|gb|AW056993.1|AW056993
genomic: TTATGGTTGCAATTGTTTGTGGGGTTTCTCAAATAAATTACCTGAACAAGgtatggacat ... atttttgcagGCATTGGATACCTTTA
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genomic: TTATGGTTGCAATTGTTTGTGGGGTTTCTCAAATAAATTACCTGAACAAGgtatggacat ... atttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATG
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genomic: TTATGGTTGCAATTGTTTGTGGGGTTTCTCAAATAAATTACCTGAACAAGgtatggacat ... atttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATG
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genomic: TTATGGTTGCAATTGTTTGTGGGGTTTCTCAAATAAATTACCTGAACAAGgtatggacat ... atttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATG
ttgcagcgtgtatcttagttttagagttattctaaatttccttctatttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATGTTTACTACCCTTACAATAGTGGCAAGTGGAATTATGTTTAAG
ttctaaa putative branch site (score: 39)
tttccttctatttttg CT-rich tract
ttttagagttattcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaagaaaacttgcatcttaaattggtctagtgtatttctaatcgttgcagcgtgtatcttagttttagagttattctaaatttccttctatttttgcagGCATTGGATACCTTTAATCTGGCTATTGTCTCTCCTATATATTATGTAATGTTTACTACCCTTACAATAGTGGCAAGTGGAATTATGTTTAAG
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-caagaaa
- - - - acttgca
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