1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gttagtgcttgaattcttttatacaaggaataacatagttttatgaaaccatcatatggtcttacgctattagacatccactgtttattcgctggtatggtattcacccacatgagaaacatgtaacattgaaattattcttggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAGAATACGACAAAGCCATGGACTTTGAAAGTTTGAACCCTGGAGAGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G432801_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATG GTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAEST: gi|32932001|gb|CF036813.1|CF036813
genomic: TGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATGgttagtgctt ... ggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
EST: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATG GTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAEST: gi|56382496|gb|CV985165.1|CV985165
genomic: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATGgttagtgctt ... ggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
EST: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATG GTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAEST: gi|24934191|gb|CA452409.1|CA452409
genomic: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATGgttagtgctt ... ggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
EST: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATG GTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAEST: gi|88755828|gb|DY539969.1|DY539969
genomic: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATGgttagtgctt ... ggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
EST: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATG GTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
genomic: CAAATGCAATTCCTAAATGGACTGGGTTACTGCCTAAATCTGGAAACATGgttagtgctt ... ggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCA
tggtattcacccacatgagaaacatgtaacattgaaattattcttggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAGAATACGACAAAGCCATGGACTTTGAAAGTTTGAACCCTGGAGAGCAG
atgtaac putative branch site (score: 494)
taacattgaaattatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtgcttgaattcttttatacaaggaataacatagttttatgaaaccatcatatggtcttacgctattagacatccactgtttattcgctggtatggtattcacccacatgagaaacatgtaacattgaaattattcttggtgctctagGTAATTAATACGGAATGGGGAAGCTTTAAATCCGGCAAGCTTCCTCTCTCAGAATACGACAAAGCCATGGACTTTGAAAGTTTGAACCCTGGAGAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG