1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagcagttctattattggtttcccggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G408242_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|50333681|gb|CO528807.1|CO528807
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: GGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGCCATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACCCCTACAAGATTEST: gi|37373889|gb|CF623269.1|CF623269
genomic: GGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|60339571|gb|DN206544.1|DN206544
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|32930869|gb|CF035681.1|CF035681
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|78544078|gb|DV621576.1|DV621576
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|60352672|gb|DN219645.1|DN219645
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|22549285|gb|BU101486.1|BU101486
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|5739678|gb|AI947473.1|AI947473
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|71772452|gb|DR970384.1|DR970384
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|211507205|gb|FL420316.1|FL420316
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|6760625|gb|AW324724.1|AW324724
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|20301653|gb|BQ164596.1|BQ164596
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|148990758|gb|EE032169.2|EE032169
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTTTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|93282133|gb|EB674397.1|EB674397
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|211160608|gb|FL453142.1|FL453142
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTGGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTGCAAGATTEST: gi|18649580|gb|BM498399.1|BM498399
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTEST: gi|78022288|gb|DV490675.1|DV490675
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|71772451|gb|DR970383.1|DR970383
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTTTATGACACCTACAAGATTEST: gi|6742399|gb|AW313214.1|AW313214
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
EST: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATA GTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
genomic: ATAAGGACACCACAGCATGGTTTGAAGAGCTCCGTGTTGACATGAACATAgtaagcagtt ... caattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATT
ggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
ttccc CT-rich tract
tattgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcagttctattattggtttcccggctatttattctgtattgttttcttcacccaactctgtgacttgcaattcccagGTTAAGAATATCTCTATGGAAATATTAGACTTCTATGACACCTACAAGATTGATCCTCAAAGGGGCATCCCTGAGGATAAGATAAGCCCCGTGATGAACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT