Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cagtgttaatagtgatatgacatgttattttgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G382914_T04
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
cagtgttaatagtgatatgacatgttattt-tgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatt--tgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG
   |||  || |  | ||    |  ||||  ||    |||||  |     | | ||       |      ||  |   |||   |||  |    | | | |||| |||  ||||| | |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | |  ||||||||||||||||  ||| ||| 
---tgtggatggcaacatccagtaatattcatggtgcatagtactaaattattacaaacttttatgtccgttgttttgatgtccactataccatcattttcagACTGTTGCTGCCTCCGCTATCCCCGATGGTTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCAGATGCCATCAAGACTTCCAGCGAAGCATTGGACACCTGCAACACTA

upper sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
----------cagtgttaatagtgatatgacatgttattttgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccat-gctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG
          ||||  |  | ||    |  ||        |||| || |||      ||| |  |||  | |        |    |  ||| ||     |||||  | ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||| || ||  ||| ||| ||||||  ||||||  ||||||| ||||| ||  
gtaactatcacagtcattgtggttgactctcaatgggccatgtatgaaagtaa---aacatttaagcgtctggtctggtctctttaaagctgacacatatgactcttgcagATAGTGCCAGCCACTGCCATCCCTGATGGCTGGATGGGTCTAGATATTGGTCCAGACTCCATCAAGACATTCAGCGAAGCTCTGGACACAACCAAAACCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211044128|gb|FL234528.1|FL234528
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|21843580|gb|BQ704161.1|BQ704161
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|67017421|gb|CO446170.1|CO446170
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|67031860|gb|CO460609.1|CO460609
EST:     C-ACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         AT-GTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGNTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|9824931|gb|BE575028.1|BE575028
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGTATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211034531|gb|FL384618.1|FL384618
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|111990900|gb|EE332336.1|EE332336
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGAGGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|21987634|gb|BQ779162.1|BQ779162
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211204153|gb|FL151901.1|FL151901
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGAYGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|31358967|gb|CD443324.1|CD443324
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|21843195|gb|BQ703776.1|BQ703776
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211044129|gb|FL234529.1|FL234529
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|31349922|gb|CD434279.1|CD434279
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|26457504|gb|CA829087.1|CA829087
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|22936004|gb|BU572279.1|BU572279
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|32916467|gb|CF021279.1|CF021279
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211199180|gb|FL385143.1|FL385143
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|60359146|gb|DN226119.1|DN226119
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGA
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGA
EST: gi|211204151|gb|FL151899.1|FL151899
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGGTTGG
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATG-TTGG
EST: gi|31352972|gb|CD437329.1|CD437329
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|32909025|gb|CF013837.1|CF013837
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211046002|gb|FL422503.1|FL422503
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|21843572|gb|BQ704153.1|BQ704153
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|32916455|gb|CF021267.1|CF021267
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|211233918|gb|FL394222.1|FL394222
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|21760023|gb|BQ635564.1|BQ635564
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
EST: gi|31356173|gb|CD440530.1|CD440530
EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 710

AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 875

AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 605

AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 818

AACTTCTCTTATTGAGAAGGCGAAGGCAAAGGGGGTTTCTCTTTTGCTTCCCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG
                               tgctaac  putative branch site (score: 818)
                                              cttctac  putative PPT
                 aaacaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cagtgttaatagtgatatgacatgttattttgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG

- - - - - - - - - - catgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccatgc