ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...cagtgttaatagtgatatgacatgttattttgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G382914_T03
intron #	5
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5

cagtgttaatagtgatatgacatgttattt-tgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatt--tgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG
   |||  || |  | ||    |  ||||  ||    |||||  |     | | ||       |      ||  |   |||   |||  |    | | | |||| |||  ||||| | |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || | |  ||||||||||||||||  ||| ||| 
---tgtggatggcaacatccagtaatattcatggtgcatagtactaaattattacaaacttttatgtccgttgttttgatgtccactataccatcattttcagACTGTTGCTGCCTCCGCTATCCCCGATGGTTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCAGATGCCATCAAGACTTCCAGCGAAGCATTGGACACCTGCAACACTA

upper sequence: GRMZM2G382914_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4

----------cagtgttaatagtgatatgacatgttattttgtacgatagtttttccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccat-gctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG
          ||||  |  | ||    |  ||        |||| || |||      ||| |  |||  | |        |    |  ||| ||     |||||  | ||||| || || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||| || ||  ||| ||| ||||||  ||||||  ||||||| ||||| ||  
gtaactatcacagtcattgtggttgactctcaatgggccatgtatgaaagtaa---aacatttaagcgtctggtctggtctctttaaagctgacacatatgactcttgcagATAGTGCCAGCCACTGCCATCCCTGATGGCTGGATGGGTCTAGATATTGGTCCAGACTCCATCAAGACATTCAGCGAAGCTCTGGACACAACCAAAACCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|61117370|gb|DN558331.1|DN558331

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211044128|gb|FL234528.1|FL234528

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117389|gb|DN558350.1|DN558350

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|84980417|gb|DW530766.1|DW530766

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|29945361|gb|CB815600.1|CB815600

EST:     AAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: AAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|21843580|gb|BQ704161.1|BQ704161

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|67017421|gb|CO446170.1|CO446170

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117372|gb|DN558333.1|DN558333

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|32909025|gb|CF013837.1|CF013837

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|67031860|gb|CO460609.1|CO460609

EST:     C-ACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         AT-GTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGNTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|29945580|gb|CB815712.1|CB815712

EST:     GATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: GATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|37394374|gb|CF634460.1|CF634460

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|9824931|gb|BE575028.1|BE575028

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGTATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211034531|gb|FL384618.1|FL384618

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|111990900|gb|EE332336.1|EE332336

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGAGGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|21987634|gb|BQ779162.1|BQ779162

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117376|gb|DN558337.1|DN558337

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACCGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211204153|gb|FL151901.1|FL151901

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGAYGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|60343932|gb|DN210905.1|DN210905

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117375|gb|DN558336.1|DN558336

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|16919634|gb|BM074288.1|BM074288

EST:     ATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: ATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117388|gb|DN558349.1|DN558349

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|31358967|gb|CD443324.1|CD443324

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|32907707|gb|CF012520.1|CF012520

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|21843195|gb|BQ703776.1|BQ703776

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117377|gb|DN558338.1|DN558338

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117380|gb|DN558341.1|DN558341

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|148934220|gb|EC878241.2|EC878241

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211044129|gb|FL234529.1|FL234529

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|31349922|gb|CD434279.1|CD434279

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117367|gb|DN558328.1|DN558328

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|84980844|gb|DW531193.1|DW531193

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|26457504|gb|CA829087.1|CA829087

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|22936004|gb|BU572279.1|BU572279

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|32916467|gb|CF021279.1|CF021279

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117392|gb|DN558353.1|DN558353

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|18179699|gb|BM380909.1|BM380909

EST:     CAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211199180|gb|FL385143.1|FL385143

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|60359146|gb|DN226119.1|DN226119

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGA
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGA

EST: gi|61117391|gb|DN558352.1|DN558352

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTNGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211204151|gb|FL151899.1|FL151899

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGGTTGG
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATG-TTGG

EST: gi|31352972|gb|CD437329.1|CD437329

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117390|gb|DN558351.1|DN558351

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|32916455|gb|CF021267.1|CF021267

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211082875|gb|FL417817.1|FL417817

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211233918|gb|FL394222.1|FL394222

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|31440881|gb|CD510312.1|CD510312

EST:     CAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCCCTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGG-

EST: gi|211046002|gb|FL422503.1|FL422503

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117373|gb|DN558334.1|DN558334

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|149073263|gb|EE161553.2|EE161553

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|31406031|gb|CD484763.1|CD484763

EST:     GTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: GTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|21843572|gb|BQ704153.1|BQ704153

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117383|gb|DN558344.1|DN558344

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGCTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|211367760|gb|FL457536.1|FL457536

EST:     GCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: GCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117374|gb|DN558335.1|DN558335

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117379|gb|DN558340.1|DN558340

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117366|gb|DN558327.1|DN558327

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117378|gb|DN558339.1|DN558339

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117368|gb|DN558329.1|DN558329

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|32907706|gb|CF012519.1|CF012519

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|37395052|gb|CF634805.1|CF634805

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCTGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|21760023|gb|BQ635564.1|BQ635564

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|31356173|gb|CD440530.1|CD440530

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117369|gb|DN558330.1|DN558330

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|60354439|gb|DN221412.1|DN221412

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|29543492|gb|CB603874.1|CB603874

EST:     CGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|61117371|gb|DN558332.1|DN558332

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGT
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

EST: gi|71316995|gb|DR795182.1|DR795182

EST:     CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAG                         ATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC
genomic: CCACTGATATTGTAGTAGCGGACAAGTTTGCAGCCGATGCTGAGAGCAAGgtttgtttat ... acttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGC

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccacagtgcagcaccggaaacaaatttgccatgctaacttgagtgacttctacagATTGTCCCTGCCACTGCTATCCCTGATGACTGGATGGGTCTTGATGTTGGCCCTGATGCCACCAAAACATTCGACGAAGCATTGGACACCACCAAGACTG

                               tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                              cttctac  putative PPT
                 aaacaaattt  TA-rich tract

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Orthologous splice sites

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments