1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...aactaaaaatcgggaacatggtgtttctttacttctctagcacattgcaaactgtatctgcaaatatctgttggaatttataatacatgtgcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGGAAGCTAAGGTGGAGGAGCTTATCAAAGCTGTCGCTGACTCTGGTGCCAAGGTTATTGTCAGTGGAGCTGCAGTGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G381744_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAG CTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGGAAGCTAAGGTGGAGGAGCTTATCAAAEST: gi|22491636|gb|BU051559.1|BU051559
genomic: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAGgtatgttctt ... gcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGGAAGCTAAGGTGGAGGAGCTTATCAAA
EST: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAG CTAGAAAATTATGCTAAGACCGAGGEST: gi|87153402|gb|DY398191.1|DY398191
genomic: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAGgtatgttctt ... gcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGG
EST: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAG CTAGAAAATTATGCTAAGACCGAGG
genomic: CCTCGGCAACTGAAACAAAGGGAACCGTGTTGATCCATTCCGCTGAGCAGgtatgttctt ... gcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGG
tgcaaactgtatctgcaaatatctgttggaatttataatacatgtgcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGGAAGCTAAGGTGGAGGAGCTTATCAAAGCTGTCGCTGACTCTGGTGCCAAGGTTATTGTCAGTGGAGCTGCAGTGG
tgctttt CT-rich tract
aatttataatacatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactaaaaatcgggaacatggtgtttctttacttctctagcacattgcaaactgtatctgcaaatatctgttggaatttataatacatgtgcttttgcagCTAGAAAATTATGCTAAGACTGAGGAAGCTAAGGTGGAGGAGCTTATCAAAGCTGTCGCTGACTCTGGTGCCAAGGTTATTGTCAGTGGAGCTGCAGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
aactaaa
- - - - - - -gaacatg
- - - - - - - - - - -tgtttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacatg