Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374881_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
-tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggt-catatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
 |   |  ||        || | ||  ||    |   || | |      | |        |||||  | || |||  || ||||  |  | ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || 
gtgcaaacaccattttccatcacttcagtgccccctgtataattatttttgcttgttccacctca--tctcttaacttgattcttctctttcatctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACC

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g53060.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaa-acttgcctcaattttcctaata--tgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
 ||  ||    ||| | |||     |       |  |   || || | ||        ||| |||  | || || ||  |  || |  |  |||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || 
-agagtg--caaagatcattttccatcacttcagtgttccctgtataatattgctggctgcatcacatctcttattacttaattttcctcttcatctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACT

upper sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g53060.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--tagtatgactgaaggttattaattgtgtaaagcgaatagactatagagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
  |   || |||  ||  | ||   ||| |||         | |   |  | ||  || |  || |  || | |||| |   |||     |||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || 
ttttccatcacttcag--tgttccctgtataat--------attgctggctgcatcacatctctta--ttacttaattttcctct-----tcatctttacagaagtttgtggttaagGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACCGTCACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29544030|gb|CB604410.1|CB604410
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|29544379|gb|CB604759.1|CB604759
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|211481573|gb|FL031237.1|FL031237
EST:     GAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: GAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|71320622|gb|DR797046.1|DR797046
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|16919306|gb|BM074128.1|BM074128
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37384781|gb|CF629491.1|CF629491
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|78543575|gb|DV621073.1|DV621073
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7135787|gb|AW498266.1|AW498266
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|18180510|gb|BM381720.1|BM381720
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7216231|gb|AW562353.1|AW562353
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37380555|gb|CF627096.1|CF627096
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|32848451|gb|CD988132.1|CD988132
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|88749443|gb|DY533584.1|DY533584
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37378375|gb|CF625874.1|CF625874
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|211050109|gb|FL461719.1|FL461719
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|37387307|gb|CF630846.1|CF630846
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|78109398|gb|DV527814.1|DV527814
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
EST: gi|7216230|gb|AW562352.1|AW562352
EST:     CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAG                         AAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC
genomic: CACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgcc ... atatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtacaaaacttgcctcaattttcctaatatgtttctaatggtcatatatacagAAATTTGTGGTGAAGGTAGTTTCCCTTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGCGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA
                                  ttctaat  putative branch site (score: 2)
                          taatatgtttctaat  TA-rich tract