Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatctgaagatagaacttctctctaaacattttttttactatgaactctgtataacacgagaatttgctgatgctttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATGAGTCTACGTGAAGTAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178822_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G178822_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g47220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgtatctgaagatagaacttctctctaaa-----catttt----ttttactatgaactctgtataacacgag-aatttgctg----------atgctttaat--gtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATGAGTCTACGTGAAGTAAAG
||||||||||||||||| | |         ||     |||||     |||| | |   | ||    | | |  |  || |   ||           |||  | ||   ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
gtatgtatctgaagataaatccataggaggaaatatgcatttcatacttttgcaaaatattcccagtgaaataaataactgattgtaagcaaaatgtgcactgatctatagGTGGCAGTTAAGAAAATGAAGAGGAAATATTATTCTTTTGAGGAATGCATGAGTCTACGTGAAGTAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211443458|gb|FL042456.1|FL042456
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|211443465|gb|FL042463.1|FL042463
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|60345317|gb|DN212290.1|DN212290
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|211443464|gb|FL042462.1|FL042462
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGNCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|149089320|gb|EE178543.2|EE178543
EST:     GACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAAGT-                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTC
genomic: GACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAA-GTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTC
EST: gi|211443461|gb|FL042459.1|FL042459
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|71328344|gb|DR800801.1|DR800801
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAANAAATATTATTCTTTTG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTG
EST: gi|211443466|gb|FL042464.1|FL042464
EST:     GACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAA-TGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|211443460|gb|FL042458.1|FL042458
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAANAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|211441339|gb|FL042453.1|FL042453
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|166575936|gb|EG274034.1|EG274034
EST:     AATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATG-AG-AAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: AATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
EST: gi|211443463|gb|FL042461.1|FL042461
EST:     GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTT                         GTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG
genomic: GGACTTTTGGGAGTGTATGGCGTGCTATGAATAAACAGAATGGCGAAGTTgtatgtatct ... tttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttactatgaactctgtataacacgagaatttgctgatgctttaatgtagGTTGCTGTTAAGAAAATGAAGAAAAAATATTATTCTTTTGAGGAATGTATGAGTCTACGTGAAGTAAAG
                                             tttaatgta  TA-rich tract