Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgccttgcatacttgcactgcagtgtgttttgattattctgtacgtgtatgcttctgttcttatgtattatgatgactctttgttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTATTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGCTGGCTGAATAGAATGATCCAGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G177970_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G177970_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g54020.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtctgccttgcatacttgcactgcagtgtgttttgattattctgtacgtgtatgcttctgttcttatgtattatgatgactctttgttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTATTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGCTGGCTGAATAGAATGATCCAGT------------------
|||||| |  |||| || || |  |   || | |  || ||  | | |||      |        |||| ||||| ||  | | |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |                  
gtctgcttcacatatttacattatatgatgatgt--ttgtt--gcaggtgcccttgtggagctgaatgttttatgttg-ttttgtgtctttacaggcttctatatttgtacagTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTTCTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGTTGGCTCAACAGAATGATCCAATTCAAAGAGAAGTCACGCA

upper sequence: GRMZM2G177970_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g54020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtctgccttgcatacttgcactgcagtgtgttttgattattctgtacgtgtatgcttctgttcttatgtattatgatgactctttgttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTATTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGCTGGCTGAATAGAATGATCCAGT
|||||| |  |||| || || |  |   || | |  || ||  | | |||      |        |||| ||||| ||  | | |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |
gtctgcttcacatatttacattatatgatgatgt--ttgtt--gcaggtgcccttgtggagctgaatgttttatgttg-ttttgtgtctttacagGCTTCTATATTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTTCTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGTTGGCTCAACAGAATGATCCAAT

upper sequence: GRMZM2G177970_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0008g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtctgccttgcatacttgcactgcagtgtgttttgattattctgtacgtgtatgcttctgttcttatgtattatgatgactctttgttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTATTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGCTGGCTGAATAGAATGATCCAGT
               ||    |  | | |   ||  ||||| ||| |    | | || | | | |   | ||||||      | |||     ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||   || ||||||||| || |||||||| ||||||| ||||| ||| |||| | |||||| ||||
--------------gtttagtttaactattcattctttattgtgtgcca--aggtttatatgcatgcttgttatgactcagatctgtatgggcagGCCTCTGTCTTTGTTCAGTCTCATGTTCGTGCCCATTCAGAATTGATGTGGTTACTGAGTTCTGCTACTCCAATTGGTTGGTTGAACAAAATGATTCAGT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60398533|gb|DN231349.1|DN231349
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
EST: gi|211458161|gb|FL127573.1|FL127573
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGC
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGC
EST: gi|71449704|gb|DR830754.1|DR830754
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
EST: gi|50331394|gb|CO526520.1|CO526520
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
EST: gi|76294199|gb|DV033767.1|DV033767
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
EST: gi|211458163|gb|FL127575.1|FL127575
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGT
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGT
EST: gi|78120428|gb|DV538812.1|DV538812
EST:     CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAG                         GCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG
genomic: CAAGAAGCACTGCTGCAATATATCTTGCATGTGGCGTCGACAGCTCCAAGgtctgccttg ... gttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgtacgtgtatgcttctgttcttatgtattatgatgactctttgttctttcagGCTTCTATCTTTGTACAGTCTCATGTCCGTGCTCATGTTGAGTTGATGTGGCTATTGAGTTCTTCTACTCCTATTGGCTGGCTGAATAGAATGATCCAGT
                                       ctctttgttctttc  CT-rich tract
                    ttcttatgtattat  TA-rich tract