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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctggacaagctttatattttctgatgagcatcttttgtactactggttgttaggaatgttgatgagatatgaaccttttggtattcacatctagcagaatcttctcaaatcgtttaacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G177273_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78024949|gb|DV493336.1|DV493336
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|32930107|gb|CF034919.1|CF034919
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|6654207|gb|AW267612.1|AW267612
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|5455857|gb|AI833547.1|AI833547
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|32932468|gb|CF037280.1|CF037280
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GGTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|211408847|gb|FL082357.1|FL082357
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|78023626|gb|DV492013.1|DV492013
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|22542436|gb|BU092874.1|BU092874
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|5468696|gb|AI834487.1|AI834487
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|17921687|gb|BM259338.1|BM259338
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|33093879|gb|CF053873.1|CF053873
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|161593211|gb|EY964843.1|EY964843
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATACAAAAAAT
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGAT-CAAAAAAT
EST: gi|78075801|gb|DV504235.1|DV504235
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|33093279|gb|CF053273.1|CF053273
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCGTGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|20803243|gb|BQ294293.1|BQ294293
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|32932488|gb|CF037300.1|CF037300
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|12969533|gb|BG266477.1|BG266477
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|21331859|gb|BQ487240.1|BQ487240
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|71763848|gb|DR961785.1|DR961785
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|23199481|gb|BU582046.1|BU582046
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|5069740|gb|AI737705.1|AI737705
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|74236700|gb|DT644614.1|DT644614
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|60397407|gb|DN230223.1|DN230223
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
EST: gi|60352174|gb|DN219147.1|DN219147
EST:     CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAA                         GTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG
genomic: CTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 178

GCAAGATTTTGTCTTTGAGTCAGTTGATGGCCGGCGCTACATCAACCTTACTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 209

GCAAGATTTTGTCTTTGAGTCAGTTGATGGCCGGCGCTACATCAACCTTACTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 204

GCAAGATTTTGTCTTTGAGTCAGTTGATGGCCGGCGCTACATCAACCTTACTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 186

GCAAGATTTTGTCTTTGAGTCAGTTGATGGCCGGCGCTACATCAACCTTACTTTTGGTTGCCCTCTATTGGATACTGTGGTTGACGATCTTACAGTTAAAgtaagtctgg ... aacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaccttttggtattcacatctagcagaatcttctcaaatcgtttaacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG
                                         gtttaac  putative branch site (score: 186)
                                          tttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtctggacaagctttatattttctgatgagcatcttttgtactactggttgttaggaatgttgatgagatatgaaccttttggtattcacatctagcagaatcttctcaaatcgtttaacgttgcagGTTGTGCTTCCTGAAGGATCAAAAAATCCAGAGCATGTAGTTCCTTTTGTGACAGAGAAACATCTTGAG

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