Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cataccattatttcaattggatcactaatgtttaggtttttaactatactgatgtgtgcaagtgctgagtttctaaaatctgttttctgctacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G176029_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G176029_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g39260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
cataccatta-tttcaattggatcactaatgtttaggtttttaactatactgatgtgtgcaagtgctgagtttctaa--aatctgttt-tctgctacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA
  ||  |  |  |  |  |||   | |||  |||    | | |  | | |||||||   |      |   ||||| |  | | ||||| | | |||  | |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||
--tattagaagctgtagatggcctaataaaattttatgtgtga--tgtgctgatgttaactgtgttttcatttctgagtattatgtttgtttcctatgtatcagACAAGCTCCAAGACTATCAAGAAGCTTGCTAACCCTAATGCGCCTCTGGGCTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGTTACACCAATTCGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78118465|gb|DV536850.1|DV536850
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|148931883|gb|EC877348.2|EC877348
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|149005383|gb|EE039935.2|EE039935
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCCAGACAATTAAGGNGCTTGCC
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCC
EST: gi|78080957|gb|DV509369.1|DV509369
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|148985614|gb|EE029715.2|EE029715
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|78107091|gb|DV525509.1|DV525509
EST:     TATGCACTTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATT-AGAAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGG
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAG-AAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGG
EST: gi|50324993|gb|CO520119.1|CO520119
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|74234865|gb|DT642779.1|DT642779
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|148953372|gb|EE152866.2|EE152866
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|78107092|gb|DV525510.1|DV525510
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|71318369|gb|DR795946.1|DR795946
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
EST: gi|71440454|gb|DR821504.1|DR821504
EST:     TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAG                         ACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT
genomic: TATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 42 (downstream exon)
Score: 41

GTTGATGGGAACTCTTCTCTATGGTGTGAAGTACACACTTCCAGAGTATTTATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 30

GTTGATGGGAACTCTTCTCTATGGTGTGAAGTACACACTTCCAGAGTATTTATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 49

GTTGATGGGAACTCTTCTCTATGGTGTGAAGTACACACTTCCAGAGTATTTATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 127

GTTGATGGGAACTCTTCTCTATGGTGTGAAGTACACACTTCCAGAGTATTTATGCACCTTTCTTGTTGCCGGCGGTGTGTCCTCCTTTGCGTTGTTGAAGgtaagatgat ... tacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atactgatgtgtgcaagtgctgagtttctaaaatctgttttctgctacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA
                         ttctaaa  putative branch site (score: 127)
                                     ttttctgctacttttc  putative PPT
                        tttctaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cataccattatttcaattggatcactaatgtttaggtttttaactatactgatgtgtgcaagtgctgagtttctaaaatctgttttctgctacttttcagACAAGCTCCAAGACAATTAAGAAGCTTGCCAACCCTAATGCACCTCTTGGTTACACATTGTGCTTCCTCAACTTAGCTTTTGATGGATATACTAACTCGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
catacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctga