Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagtcgcactagctatgattatcgctctataactatgtgctgcacaatcttcggactaactcgcttttagcatgctcacatggatctgtgtttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGTTTCCCACTGGAGCAAGAAGGTCCATCTTGGCTCCCCAGTCACCTCCATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G158489_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G158489_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g09000.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
aagtcgcactagctatgattatcgctctataactatgtgctgcacaatcttcggactaactcgc-ttttagcatgctcacatggatctgtgtttctt---tcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGTTTCCCACTGGAGCAAGAAGGTCCATCTTGGCTCCCCAGTCACCTCCATT
     ||| | ||    ||  | |||     | | |   ||| |     || |   ||  | |        ||||   |      ||||| ||||||   |||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||  |||| |||
--tatgcagt-gccccaatactagctaacatattctaaactgaattgcttttgatgtatttagtgcaccgacatgtgaatg-aattctgtatttcttctttcagGGGGAGCCATGATGGTGATTTCTGTGCTGTGGATGTAAAGAAGATGGATGTTTCTCACTGGAGCAAGAAGGTCCATCTTGGTTCTCCGGTTTCCTCAATT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149105792|gb|EE291382.2|EE291382
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|211501284|gb|FL248092.1|FL248092
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32837118|gb|CD976796.1|CD976796
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGAAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76010774|gb|DT937944.1|DT937944
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32912764|gb|CF017576.1|CF017576
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAA
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAA
EST: gi|89760375|gb|DY688809.1|DY688809
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|211501285|gb|FL248093.1|FL248093
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|78079988|gb|DV508400.1|DV508400
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|6021240|gb|AW066168.1|AW066168
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|93017687|gb|EB643207.1|EB643207
EST:     GGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAAGGGAAGT
genomic: GGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|86474634|gb|DY241004.1|DY241004
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|78115282|gb|DV533670.1|DV533670
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76287602|gb|DV027170.1|DV027170
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|16921161|gb|BM075014.1|BM075014
EST:     GAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: GAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|91053037|gb|EB163455.1|EB163455
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|74237401|gb|DT645315.1|DT645315
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTTTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|86470686|gb|DY237056.1|DY237056
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|74236583|gb|DT644497.1|DT644497
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|88748364|gb|DY532505.1|DY532505
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|32938162|gb|CF042981.1|CF042981
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGAGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|6445478|gb|AW179396.1|AW179396
EST:     ATGGGAAGTATCTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: ATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
EST: gi|76020754|gb|DT947924.1|DT947924
EST:     AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATTTGGCATT                         AGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT
genomic: AAGCCTATCTCCACACTCTCAGTTAGCTTGGATGGGAAGTATCTGGCATTgtgagtggat ... tttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatcttcggactaactcgcttttagcatgctcacatggatctgtgtttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGTTTCCCACTGGAGCAAGAAGGTCCATCTTGGCTCCCCAGTCACCTCCATT
                                       tctgtgtttctttc  CT-rich tract
                                             tttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aagtcgcactagctatgattatcgctctataactatgtgctgcacaatcttcggactaactcgcttttagcatgctcacatggatctgtgtttctttcagAGGAAGCCACGATGGTGACTTCTGTGCTGTTGATGTGAAGAAAATGGAAGTTTCCCACTGGAGCAAGAAGGTCCATCTTGGCTCCCCAGTCACCTCCATT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG