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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctgtttggaaaagaagctacagatcatgcttccaagaatagatatttcagttgtcaattcctttttgactaaccttcattgttttgctaattttgcagAGGCATTGGCTCGAACTACTTAAATGGTTCCCTTCCTTCGGAGTTGGGAAACCTGGCAAAACTTGAGCAATT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G155837_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttcagttgtcaattcctttttgactaaccttcattgttttgctaattttgcagAGGCATTGGCTCGAACTACTTAAATGGTTCCCTTCCTTCGGAGTTGGGAAACCTGGCAAAACTTGAGCAATT
                                            taatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttctgtttggaaaagaagctacagatcatgcttccaagaatagatatttcagttgtcaattcctttttgactaaccttcattgttttgctaattttgcagAGGCATTGGCTCGAACTACTTAAATGGTTCCCTTCCTTCGGAGTTGGGAAACCTGGCAAAACTTGAGCAATT

-tctgttt
- - - - - aaaagaa
- - - - - - - - -gctacag
- - - - - - - - - - - - - - tgcttcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttttgct