1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G152775_T03 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAAAAGAACTTTTACCCTGGCGACGAGCTACCCEST: gi|22715386|gb|BU197734.1|BU197734
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|94477407|gb|EB706365.1|EB706365
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|211478706|gb|FL031234.1|FL031234
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGKGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|32945196|gb|CF050015.1|CF050015
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ACAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|78544138|gb|DV621636.1|DV621636
genomic: GGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|30052156|gb|AI065445.2|AI065445
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGATACCCEST: gi|22819123|gb|BU499213.1|BU499213
genomic: GTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|5713710|gb|AI943702.1|AI943702
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGCCAAGCTACCCEST: gi|32936732|gb|CF041551.1|CF041551
genomic: TCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|148952878|gb|EC898870.2|EC898870
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|30052392|gb|AI065681.2|AI065681
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGNGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|32937349|gb|CF042168.1|CF042168
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|21390127|gb|BQ528176.1|BQ528176
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|6403382|gb|AW171857.1|AW171857
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|148946910|gb|EC892192.2|EC892192
genomic: ATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|26457200|gb|CA828783.1|CA828783
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|9742610|gb|BE518758.1|BE518758
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGAACAAGACTACEST: gi|21809993|gb|BQ668311.1|BQ668311
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGA-CAAG-CTAC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|71303125|gb|DR787668.1|DR787668
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|213175464|gb|FM189533.1|FM189533
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|148937129|gb|EC881304.2|EC881304
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|37379515|gb|CF626500.1|CF626500
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|166651491|gb|EG291540.1|EG291540
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTAGGCGACAAGCTACCEST: gi|21391153|gb|BQ529202.1|BQ529202
genomic: CGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCT-GGCGACAAGCTACC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|22521594|gb|BU080405.1|BU080405
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|78110532|gb|DV528942.1|DV528942
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCEST: gi|22521595|gb|BU080406.1|BU080406
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
EST: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACA ATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
genomic: TTGCTATGGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTCCGTACAGTTACAgtaagttctc ... tatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCC
tgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
ttttttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatctcttactaccatttcctatgtttgcttgtgttctcttcctctgtggcatagacccttttttgtggttcaaaacaaactctcttggctatgctgcagATAAATGCGGATGGCGTGAAGAGGAACTTTTACCCTGGCGACAAGCTACCCCTGTGGCACGACGAGCTGGAACCCCAGAACTCGTTGCTTGATATTCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA