Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattgggtgccatgttcctgcgttctaagttttcttatgctgcatatatgttaaccttatttttctttctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G147671_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G147671_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaattgggtgcca-tgttcctgcgttctaagtt-ttcttatgctgcatatatgttaacct-tatttttctttctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC
|||||   ||  || | |    | | |||| ||| || || |  || || | || | ||   |   | ||  |||||   ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||
gtaataatgtatcaatttgttcgggctctaggttgttgttttaatgtatttctgctgacaaattaatatccctcttttcacagTACTCCTATCTTCACTGGTGAAGAAGGTGGAAGCGGTTTTGCTGCTTCTGCAGCAGCAGCAGCAGCTACTGGTGCAGCTGGATTTGAATTTGATGTGGAC

upper sequence: GRMZM2G147671_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA16G23590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
-------------------gtaattgggtgccatgttcctgcgttctaagttttcttatgctg-catatatgttaaccttatttttctttctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGA---AGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGC--ATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC
                    ||| |  |      |    ||   | |    | |  |    |  | | ||  ||      |  ||    ||||    ||| |||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||||   |   | | |||   | |    ||| |   |||   | ||| |    |       
aattctacccatttttcttctaactctgataggagagtttgaactttggactcttatgcattttcttttaaattctttgaaccttggactcttgtggcagTACTCCTATTTTTACTGGTGACGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCAGGCAGTGTATCTGGATTTGAGTTTGGTGTTGATCCAAACTTGGACCCTGAA-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9254597|gb|BE345080.1|BE345080
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|33094256|gb|CF054250.1|CF054250
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31353854|gb|CD438211.1|CD438211
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|211069191|gb|FL190616.1|FL190616
EST:     TTGGTCATGTCCCTCCTGGTGAAA-TGCCTCTCTCTGATGTC-TCCTA-G                         C-CTCC-ATATT-ACTG
genomic: TTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGC-TCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTG
EST: gi|29947654|gb|CB816768.1|CB816768
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGGGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTA
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTA
EST: gi|32849896|gb|CD989577.1|CD989577
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|67041049|gb|CO467304.1|CO467304
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32942828|gb|CF047647.1|CF047647
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|47961624|gb|CN844333.1|CN844333
EST:     ACTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CATTCCTATATTTACTGGT
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGT
EST: gi|32849329|gb|CD989010.1|CD989010
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|18964426|gb|BM660999.1|BM660999
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGG-GAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|18659918|gb|BM500591.1|BM500591
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807603|gb|CD959837.1|CD959837
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|32807882|gb|CD960116.1|CD960116
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCTGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
EST: gi|31360558|gb|CD444915.1|CD444915
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGA-GGTGGAAAGTGGTTTTGCTGCTTCCG
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAA-GTGGTTTTGCTGCTTCCG
EST: gi|9952492|gb|BE639075.1|BE639075
EST:     ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAG                         CACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC
genomic: ATTGTTCATGTCCCTCCTGGTGAAAATGCTCTCTCTGATGTCCTCCTAAGgtaattgggt ... ctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaagttttcttatgctgcatatatgttaaccttatttttctttctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC
                         tgttaac  putative branch site (score: 2)
                               ccttatttttctttct  CT-rich tract
                    atatatgttaacctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaattgggtgccatgttcctgcgttctaagttttcttatgctgcatatatgttaaccttatttttctttctttatccagCACTCCTATATTTACTGGTGAAGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCTGCTTCCGCAGCAGCTGCCGTAGCTACTGGAGCATCTGGATTTGAATTTGGTGTGGAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA