1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agttcctcaacagatataatcccatttttaaggacgtttaacgtcttattattgcagttacatccaaattttctgtaacttatccaaccttctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAATTGACAAACACAGCTGTTGGGGCAGAGCTTACCCACAGTTTCTCGACC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G146670_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAEST: gi|31354274|gb|CD438631.1|CD438631
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|60394030|gb|DN226900.1|DN226900
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|211283575|gb|FL005708.1|FL005708
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGAEST: gi|211272931|gb|FL017958.1|FL017958
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|30307134|gb|CD001807.1|CD001807
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|24769940|gb|CA405069.1|CA405069
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACACCCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|32945222|gb|CF050041.1|CF050041
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|33093487|gb|CF053481.1|CF053481
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|60344080|gb|DN211053.1|DN211053
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|60345112|gb|DN212085.1|DN212085
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|32917034|gb|CF021846.1|CF021846
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGAEST: gi|50322855|gb|CO517981.1|CO517981
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|20802437|gb|BQ293487.1|BQ293487
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|166423475|gb|EG200146.1|EG200146
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: CTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|166537316|gb|EG318259.1|EG318259
genomic: CTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACEST: gi|60400177|gb|DN232984.1|DN232984
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTAC
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|33092306|gb|CF052300.1|CF052300
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|16380087|gb|BI993308.1|BI993308
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|31354722|gb|CD439079.1|CD439079
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|33094802|gb|CF054796.1|CF054796
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: CATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|67022240|gb|CO450989.1|CO450989
genomic: CATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|32937145|gb|CF041964.1|CF041964
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: ATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|20208350|gb|BQ134439.1|BQ134439
genomic: ATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: GCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|15208686|gb|BI430570.1|BI430570
genomic: GCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|74243487|gb|DT651401.1|DT651401
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|5030719|gb|AI714913.1|AI714913
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|30307135|gb|CD001808.1|CD001808
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|6538860|gb|AW224999.1|AW224999
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCAT-AAGGCCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|33094138|gb|CF054132.1|CF054132
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAEST: gi|61118574|gb|DN559535.1|DN559535
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGGGAGCGAEST: gi|61118573|gb|DN559534.1|DN559534
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|32912387|gb|CF017199.1|CF017199
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAEST: gi|31355357|gb|CD439714.1|CD439714
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|24769460|gb|CA404589.1|CA404589
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAEST: gi|21331617|gb|BQ486998.1|BQ486998
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
EST: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATAT GAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
genomic: AATGCTGGATTGATGTTCACTCATGAAGACCTTATCGCATCCCTTAATATgtgagttttc ... tctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGA
ttattattgcagttacatccaaattttctgtaacttatccaaccttctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAATTGACAAACACAGCTGTTGGGGCAGAGCTTACCCACAGTTTCTCGACC
ctgtaac putative branch site (score: 236)
tccaaccttctctt putative PPT
aaattttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agttcctcaacagatataatcccatttttaaggacgtttaacgtcttattattgcagttacatccaaattttctgtaacttatccaaccttctcttgcagGAACAACAAGGGAGACAACCTTACTGGAGCTTACTACCACAAGGTGAGCGAATTGACAAACACAGCTGTTGGGGCAGAGCTTACCCACAGTTTCTCGACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - -caacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcagtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacct