Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagttttaatctcatcttcttcatgctactttagacagtaatgttctgatttattggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G135132_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G135132_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g41590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
---------------gttagttttaatctcatcttcttcatgctactttagacagtaatgttctg-atttattggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG
                |   | |   |||| |||| ||||||  |  | |  || |||| | ||  | |   | |  || | ||||| |||| |||| | ||| | |   |    | ||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
gttagttctaaatctctctctctctctctc-tctttttcatggcatctgatgcaataatatcctacagtggcttgtcaactaactaaggtggtcttgctcttgacacacgctcggttagGCTCATTACTACGAGGATGAGGCTGCTCCCACGGGCACATGTGCTGTCTGTGTTGTTGGTGGTGAAAG

upper sequence: GRMZM2G135132_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g04480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-------gttagttttaatctcatcttcttca-tgctactttagacagtaatgttctgattt---attggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG
        ||    ||  |  |||||| | ||    | |  | |  |   || |    ||||   ||| | |  ||   || || | |||     ||  |  |  | |  ||||| ||| ||   ||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||
gtaagttttttcacttctttacatcttttgcagcttttccatggttatccatctctccattttagattagttgttttgttactgagacctc----ttaacaatc-catgatcagGTTCACTATCGTGAGGATGAGACTGCACCAACTGGTACATGTGCAGTTTGCGTTGTTGGTGGCGAGAG

upper sequence: GRMZM2G135132_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g04470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-------gttagttttaatctcatcttcttca-tgctactttagacagtaatgttctgattt---attggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG
        ||   |||  |  |||||| | ||    | |  | |  |   || |    ||||   ||| | |  ||   || || | |||     ||  |  |  | |  ||||| ||| ||   ||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||
gtaagttttttcatttctttacatcttttacagcttttccatggttatccatctctccattttagatttgttgttttgttactgagacctc----ttaacaatc-catgatcagGTTCACTATCGTGAGGATGAGACTGCACCAACTGGTACATGTGCAGTTTGCGTTGTTGGTGGCGAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211433554|gb|FL254730.1|FL254730
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211433558|gb|FL254734.1|FL254734
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211436159|gb|FL254742.1|FL254742
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACT
EST: gi|211430963|gb|FL254725.1|FL254725
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211535004|gb|FL000873.1|FL000873
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|87155643|gb|DY400432.1|DY400432
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211430959|gb|FL254721.1|FL254721
EST:     ACAAGNTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCANGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTG
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTG
EST: gi|211535005|gb|FL000874.1|FL000874
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAA-AAAA-TGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211430960|gb|FL254722.1|FL254722
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTAT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTAT
EST: gi|211433562|gb|FL254738.1|FL254738
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTC-TACTG-CAC-TGGTGCTGTAT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATG-TGCTGTAT
EST: gi|211430956|gb|FL254718.1|FL254718
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211433550|gb|FL254726.1|FL254726
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211430955|gb|FL254717.1|FL254717
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|26559465|gb|CA831700.1|CA831700
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|32916313|gb|CF021125.1|CF021125
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211433561|gb|FL254737.1|FL254737
EST:     ACAAGTTTGGTGACGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211430957|gb|FL254719.1|FL254719
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|22546548|gb|BU098859.1|BU098859
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211433560|gb|FL254736.1|FL254736
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211430954|gb|FL254716.1|FL254716
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211433557|gb|FL254733.1|FL254733
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCNTGTATG
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGC-TGTATG
EST: gi|31353988|gb|CD438345.1|CD438345
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
EST: gi|211538002|gb|FL000876.1|FL000876
EST:     ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACT                         GCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT
genomic: ACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 155

GATGCTTCAAACTCCTGGTGCAACAAGTTACATGGGATGCATTGGGAAGGACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 106

GATGCTTCAAACTCCTGGTGCAACAAGTTACATGGGATGCATTGGGAAGGACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 191

GATGCTTCAAACTCCTGGTGCAACAAGTTACATGGGATGCATTGGGAAGGACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 333

GATGCTTCAAACTCCTGGTGCAACAAGTTACATGGGATGCATTGGGAAGGACAAGTTTGGTGAGGAGATGAAGAAAAATGCTCAAGCTGCAGGAGTTACTgttagtttta ... acctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatttattggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG
                                          cttacct  CT-rich tract
            taattga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagttttaatctcatcttcttcatgctactttagacagtaatgttctgatttattggctaattgactaatgtggccttgatgttggcgcttacctactcagGCTCATTACTATGAGGATGAGACTGCTCCTACTGGCACATGTGCTGTATGTGTTGTTGGTGGCGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG