Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgatgttcaatatttttattaaaatcatttaatattttcttgcatgccattgtttgcttagatgtttctgtctgcttgaacctgcgcttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G134582_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G134582_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------gtgagtgatgttcaatatttttattaaaatcatttaatattttcttgcatgccattgtttgcttagatgtttctgtctgcttgaacctgc-gcttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG
                                                |    |    ||   | ||| | | |   | || |   ||   | |  | |    |  ||| |||  | || |   || ||||||  |   | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || |||||| ||||||| || | |||||| ||| | | ||||||  | || |||  |||  ||| || ||
gtgagtgatctttcataaatatttaggatcattcttgattattttccagctcctagaattttgtgtttctttcaggttgatctttcatagacatttaggatcattcttgatta--ttttaccagctccttgaatttcttgtttctttcagGCCCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211419497|gb|FK986932.1|FK986932
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|32822954|gb|CD962663.1|CD962663
EST:     GATCTCCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: GATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|67025845|gb|CO454594.1|CO454594
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211299931|gb|FL223399.1|FL223399
EST:     CNCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211419502|gb|FK986937.1|FK986937
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211269909|gb|FK986924.1|FK986924
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACARAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|17930924|gb|BM267884.1|BM267884
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|15053873|gb|BI359418.1|BI359418
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGGTTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211269911|gb|FK986926.1|FK986926
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|32807664|gb|CD959898.1|CD959898
EST:     GATCTCCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: GATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|32793865|gb|CD946101.1|CD946101
EST:     GATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: GATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|31354444|gb|CD438801.1|CD438801
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGGTTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|15209068|gb|BI430952.1|BI430952
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGGTTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|50333934|gb|CO529060.1|CO529060
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211269910|gb|FK986925.1|FK986925
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211419500|gb|FK986935.1|FK986935
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|21891605|gb|BQ744818.1|BQ744818
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211244386|gb|FL238837.1|FL238837
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211269915|gb|FK986930.1|FK986930
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|60398445|gb|DN231261.1|DN231261
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211512831|gb|FL354907.1|FL354907
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|31354453|gb|CD438810.1|CD438810
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGGTTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|67020169|gb|CO448918.1|CO448918
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|211269908|gb|FK986923.1|FK986923
EST:     TCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGAATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGC
genomic: TCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGA-TCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGC
EST: gi|60399613|gb|DN232423.1|DN232423
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|6020992|gb|AW065920.1|AW065920
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC
EST: gi|14529440|gb|BI096573.1|BI096573
EST:     CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTAT                         GCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGGTTGATGCAAAC
genomic: CTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 453

TTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 457

TTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 354

TTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 501

TTACTCGCTTGAAGGCTGATAACCCACTTTATGGATCTTCACTGATTGATTATgtgagtgatg ... cttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgccattgtttgcttagatgtttctgtctgcttgaacctgcgcttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG
                                             cttgtttc  CT-rich tract
       attgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtgatgttcaatatttttattaaaatcatttaatattttcttgcatgccattgtttgcttagatgtttctgtctgcttgaacctgcgcttgtttcagGCCCATATTGAGCAATGGATTGACTTTGCTGCAACAGAGATTGATGCAAACATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGGATGGGGTTTTATCCCCATGCTGGTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG