Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G130987_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G130987_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g11440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataa--ttaggtattcttttgactaacaatagca----cattggaaaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC
||||| |   | || | ||| || || ||        ||  | |   |    ||||| |||  | ||  | ||  ||||  ||   | ||  ||  ||| ||  | |||    || ||||||    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || 
gtgaagaatcaatttcatcaatgaggccttca----tctctttgtgctcgcaattttagtttctgttactgtttgataaaatttacttttaattatacttaccttggcatatgcactggaaatgttgcagTTTAGCTGATGTTCTCGCAAATCCATTCCATGCACTGTTCTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCTTGTGCTCTCTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTATCT

upper sequence: GRMZM2G130987_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA12G35990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
-------------------------------------------------------------------gtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggcc--ttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC
                                                                   |  |    ||  || | || ||      ||   |  |   ||   ||| |     | | |||| ||  | ||  |||    || | ||  | |   | |          |  |  |      |||| || |||||| |    || ||||| |||||||||||||| ||| | || || ||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||| || 
gtaggagaattgctgacaaattgatgttcagtgctttgtatgctgtatatatactaattgtcagccagctatgtactgctttcatctttctcatttgataaccctaatttgtgcctttgctgtatatgtttttcatctttctca----tttgataaccct--aatttgtgcctttgctgtatatgttttgcagCTTAGCTGATATGGCGGCCAATCCTTTCCATGCACTGTTCTATCTTGTGTTTATGCTTTCAGCTTGTGCCTTGTTCTCAAAAACATGGATTGAAGTCTCT

upper sequence: GRMZM2G130987_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G34370.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtt--tttgttattcaata-attaggtattcttttgactaac---aatagcacattgga-------aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC
|| |||   | |||     |||   |    | |    |||       |    || | |  |||      |||||  | |  |||   |  || |||||  | |   | | |  | || |        |     |||| || |||||| |    || ||||| |||||||| ||||| ||| | || || ||||| |||||||||||  ||||||| || |||||||||||||| || 
gtaaaagcattgttgacaaattcaagttcagtg----ctttgtatggtatatatatatactgtcagccagttatgtactgcattcatttctcatttgataaccctaatttgtgcctttgctttatatatttttgcagCTTAGCTGATATGGCAGCCAATCCTTTCCATGCTCTGTTCTATCTTGTGTTTATGCTTTCAGCCTGTGCCTTGTTCTCTAAAACATGGATTGAAGTCTCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211338837|gb|FL045914.1|FL045914
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|101398399|gb|EB821072.1|EB821072
EST:     GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|31352161|gb|CD436518.1|CD436518
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|58029874|gb|CX725301.1|CX725301
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|31352309|gb|CD436666.1|CD436666
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|83279053|gb|DV943061.1|DV943061
EST:     GTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: GTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|14244588|gb|BG840619.2|BG840619
EST:     CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|213167499|gb|FM192311.1|FM192311
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|24768334|gb|CA403463.1|CA403463
EST:     CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|33095855|gb|CF055849.1|CF055849
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGTCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|14206751|gb|BG840429.1|BG840429
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|67012434|gb|CO441183.1|CO441183
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|60350904|gb|DN217877.1|DN217877
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|13150076|gb|BG320398.1|BG320398
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|13150010|gb|BG320332.1|BG320332
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|67031913|gb|CO460662.1|CO460662
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|60352516|gb|DN219489.1|DN219489
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|6526954|gb|AW216197.1|AW216197
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGT
EST: gi|5895581|gb|AW036827.1|AW036827
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|61118440|gb|DN559401.1|DN559401
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|211338835|gb|FL045912.1|FL045912
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|32847495|gb|CD987176.1|CD987176
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|101398397|gb|EB821071.1|EB821071
EST:     GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: GTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|60355360|gb|DN222333.1|DN222333
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|47962236|gb|CN844945.1|CN844945
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|31360378|gb|CD444735.1|CD444735
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|67024923|gb|CO453672.1|CO453672
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|67015216|gb|CO443965.1|CO443965
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|31350919|gb|CD435276.1|CD435276
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|32863571|gb|CF003253.1|CF003253
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|61118439|gb|DN559400.1|DN559400
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|31354436|gb|CD438793.1|CD438793
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|211341224|gb|FL045920.1|FL045920
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|211341223|gb|FL045919.1|FL045919
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|92087935|gb|EB484166.1|EB484166
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCGAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
EST: gi|60337435|gb|DN204408.1|DN204408
EST:     CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAG                         TTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT
genomic: CATTCTATTCCTGTTGGTGGTCTTGCTTACTATGTAACTGCCCCATCAAGgtgaaaagct ... aaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC
                        gactaac  putative branch site (score: 1)
     aataattaggtatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaaaagctagttccttcattggggactggggaggccttctcgccatgatcatttttgttgtttttgttattcaataattaggtattcttttgactaacaatagcacattggaaaccacgcagTTTGGCTGATGTCCTTGCAAATCCATTCCATGCACTGTTTTATGTGGTCTTCATGCTGTCAGCCTGTGCTCTGTTCTCAAAGACATGGATTGAAGTTTCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG